Top of Case Study

TCGA READ のDNAメチル化アレイデータとRNA-Seqデータの統合解析

Integrated analysis of TCGA methylation and RNA-Seq data.

このムービーでは、TCGAのDNAメチル化アレイのデータと、RNA-Seqによる遺伝子発現データを統合して解析する例をご紹介します。これに先立って、 TCGAのDNAメチル化データをインポートして解析する。」というチュートリアルで、がんでメチル化の割合が上昇するサイトを抽出してあります。

そして、このムービーではメチル化上昇サイトを上流に持つ遺伝子で、発現が抑制されている遺伝子を抽出します。さらにメチル化状態の変化が、その下流にある遺伝子の発現パターンに大きな影響を持つことを示しています。

TCGAのデータインポートの操作については、Subio Platform v1.20.5031からとても簡単になりました。TCGA PRADのデータを用いたメチル化アレイとRNA-Seqの統合解析のケーススタディもありますが、データインポートの操作に関してはこちらのムービーをご参考になさってください。

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大きなデータセットを解析するには、大きなメモリー(RAM)が必要となります。メモリーエラーが頻発するようでしたら、物理的にメモリーを追加することが解決策となります。もしメモリー追加ができない場合は、下記の回避策をご検討ください。

限られたメモリーで大きなデータセットを解析する方法