Subdiveのご紹介

Subdive

Subdive は、ゲノム多型データを視覚化するウェブシステムです。

Subdiveのデモサイト

大規模多型データを視覚化する

次世代シーケンサーの発展は生命科学の研究に大きな変化をもたらしました。 リード配列の劇的な増加により、さらに多くの多型が検出されていますが、これにより解析はますます難しくなっています。 バイオインフォマティシャンによる統計学的アプローチと同じくらい、ウェットな生物学者によるヒューリスティックなアプローチが重要なのです。 なぜなら、次世代シーケンスはまだまだ開発途上の技術であり、データの信頼性や解釈について検討の余地が多くあります。 理論的にこうだからこれでいいというような一筋縄ではいかないのです。 実際にデータを見ながら、これは何だろうという発見をしたり、こういうことも考えられるのではないかと試行錯誤したりしながら解析を進めていくことが重要だからです。

Subdiveは、このような探索的データマイニングをウェットの研究者が自発的に行える環境を提供します。 まず、興味の対象のサンプルを属性情報や、特定の遺伝子あるいはゲノム上の位置に変異を持っているかどうかで抽出します。 次に、種類や遺伝子上の位置によって興味のある多型を抽出します。 そうすると、多型の数がポピュレーション間でどのように違うかを見ることができます。 もちろん特定の絞り込みを行わずに、多型全体で大まかに比較することも可能です。

また、特定の遺伝子に絞りこんで、その遺伝子上の多型をゲノムブラウザーのように見ることも可能です。 さらにここでは、あるポピュレーションでは頻度が高く、別のポピュレーションでは頻度が低い多型を抽出することができます。

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技術情報

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価格

JPY USD EUR

In-House Plan

お客様のサーバーにSubdiveインスタンスを構築します。 インターネットに接続しない環境での運用も可能です。

初年度 次年度以降
ライセンス 6,000 USD 5,400 USD
初期費用 5,000 USD 0
機器 お客様にてご用意 0
出張サポート 旅費 * 旅費
合計 11,000 USD 5,400 USD

In-House Plan

お客様のサーバーにSubdiveインスタンスを構築します。 インターネットに接続しない環境での運用も可能です。

初年度 次年度以降
ライセンス 6,000 EUR 5,400 EUR
初期費用 5,000 EUR 0
機器 お客様にてご用意 0
出張サポート 旅費 * 旅費
合計 11,000 EUR 5,400 EUR

In-House Plan

お客様のサーバーにSubdiveインスタンスを構築します。 インターネットに接続しない環境での運用も可能です。

初年度 次年度以降
ライセンス 600,000 JPY 540,000 JPY
初期費用 500,000 JPY 0
機器 お客様にてご用意 0
出張サポート 旅費 * 旅費
合計 1,100,000 JPY 540,000 JPY

* 旅費は契約時に決定します。

アメリカドルまたはユーロの価格は、為替レートにより事前の告知なく変更されることがあります。

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