Subriumのご紹介

Subriumはマルチオミクスデータを一元的に管理するデータリポジトリです。 データをただ格納するだけでなく、大量かつ多様なオミクスデータを俯瞰する視覚化ツールでもあります。 測定装置はマイクロアレイや次世代シーケンサ、質量分析器などがありますし、用途も遺伝子発現、コピー数多型、DNA結合、エピジェネティックなど多様です。 このような高度に複雑なデータから生物学的意味を引き出すためのウェブシステムです。

いまは誰もデータから生物学的情報をすべて引き出すことはできません。 言い換えると、一度解析されたデータにも、まだまだ引き出せる情報は残ったまま眠っているのです。 オミクスデータは一度解析して終わりではなく、長期的な資産価値があるのです。

しかし、もしそのようなデータをエクセルで持っていたらどうでしょう。 何か気になることがあっても、すぐにデータを確認することができません。 発見のチャンスがこうして見逃されていないでしょうか。 オミクスデータの持つ明らかなメリットは、たとえ以前は注目していなかった遺伝子でも、すでに測定されているということです。 あなたがデータを見たいと思ったまさにその時にアクセスできる環境を整備しておくことで、ふと思い浮かんだアイデアが捨てられずに発見につながることがあるでしょう。 Subriumがあれば、ウェブブラウザーを使ってどこからでも簡単に眠っているデータにアクセスできます。

Subio's Products and Services データ解析サービス(アセスメントとして) プレミアム解析サービス FASTQファイル処理サービス データ解析サービス Plug-ins Subio Platform Subrium Balloons are designed by Freepik.

たった3ステップ

ステップ1: データセットを抽出

興味のあるデータセットをキーワードやタグで抽出します。

ステップ2: 遺伝子を選択

シンボルやアノテーションで遺伝子を検索します。 最大5つまで選択します。

ステップ3: グラフを見る

選択されたデータセットが並び、選択した遺伝子のパターンが一望できます。 Gene Viewでは、TSSからの相対位置に基づいて測定対象を視覚化します。

データセットのタイトルをクリックすると、そのデータセットに関する詳細情報が表れます。 そこにSSAファイルが添付されていれば、ダウンロードしてあなたのコンピューター上のSubio Platformを使って詳しい再解析ができます。

Try Subrium

マルチオミクスのデータセットをSubriumで俯瞰する

Subrium は、大量のマルチオミクスデータを一元管理するリポジトリ―であり、膨大な遺伝子/miRNAの発現パターン、たんぱく質の結合パターン、エピジェネティクスの状態パターン、染色体のコピー数パターンなどを俯瞰的に視覚化するためのウェブシステムです。

ケーススタディ

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技術情報

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なぜSubriumなのか

オミクスデータを再解析可能な状態で共有

オミクスデータを見るのに、解析結果である一部の遺伝子の対数比やp値だけでいいのでしょうか。 その解析は妥当だったのか、他に有効な解析はできないのか、それを将来再解析できる状態に保っておくには、生データを保持することがとても重要です。 そのデータをどのように処理したらいいのか、現時点では誰もわからないのですから。

SSAファイルはチームメンバーがいつでも再解析できる状態でオミクスデータを共有するのに便利なのですが、無数のバージョンのSSAファイルが散乱する事態になると混乱を招じます。 そこで、一元的にチームのSSAファイルを保管・管理できるSubriumが役立ちます。

オミクスデータをあなたの資産に

どのようにデータを正規化するかということは、多種多様なオミクスデータを統合したり比較したりする際に常に問題とされてきました。 異なる測定技術、プロトコル、サンプルの提供者、テクニシャンなどは、まったく異なる性質の生データを生じ得ます。 さらに、新しい技術が次々に開発されていますので、異なる性質のデータは将来にわたって追加され続けます。

わたしたちの方策はシンプルです。 正規化せず、生データを蓄えるのです。 人は異なる性質のデータだと思ってみれば、それを理解できます。 たとえば、遺伝子発現のパターンとメチレーションのパターンとがあるとして、それぞれ別々の性質のデータで別々のチャートに分かれていても、人はその二つのチャートを比べて理解することができます。 なにも不自然な方法で同じ性質のデータに歪めて正規化する必要はないのです。 このようにして、あなたが過去にマイクロアレイでとった遺伝子発現データと、将来的に加えられる次世代シーケンサやプロテオミクスのデータを一元的に保管し、俯瞰的に一望することができます。

わたしたちはまだ生命現象のメカニズムについてほとんどわかっていません。 これから先、新しい知見が発見されるたびに情報が追加されます。 言い換えると、現時点で興味深いポイントをすべて把握することはできないのです。 できることは、その時のためにデータを、いつでもウェブブラウザーから検索可能かつ視覚化可能な状態で保持しておくことではないでしょうか。 そのようなデータベースは従来とても高価なものでした。 しかし、Subriumを使えばきわめて低価格で実現することができます。

公共データで仮説を補強する

Subriumのデモムービーをご覧いただくとわかるとおり、あなたの実験がクリアな結果を出すかどうかはある程度偶然に左右されます。 たとえあなた自身の実験結果により明確な有意差が得られなかったとしても、公共データベース等から取得できるそれと似た実験データにより、あなたの仮説が補強されることがあるでしょう。 また別の見方をすると、その仮説はあなた自身のデータでしか再現しない可能性があります。 ですから結論を出す前に他の似たような実験データでもその仮説が支持されるものかどうかを検証するべきかもしれません。 もし他人のデータを使って擬陽性を除外することができれば、あなたの時間とお金を大幅に節約することになります。

このような検証方法は、ただの計算よりもはるかに堅実なやり方です。 とはいえすべての公共データを使うというのは逆にノイズに埋もれることにもなりかねません。 あなたの実験に関連のある確かなデータだけを使うことが現実的には重要です。 GEOのすべてのデータではなく、あなたに有用なデータを抽出し、情報を付加して整理しておくと、あなた専用の検証用ツールとして非常に強力な武器となります。

4つのプラン

Shared Plan Cloud Limited Plan Cloud Plan In-House Plan
Server *1 Shared Cloud
Dedicated Cloud
In-House Server
User Account *2 Administrator
Administrator (Limited)
Curator
Member
Guest
Security

*1 Server

Shared Cloud
誰でもアクセスできるクラウド上の共用インスタンスです。 パスワードによって保護されたプライベートなシリーズを登録することも可能です。
Dedicated Cloud
Amazonのクラウド上にあなた専用のSubriumインスタンスを構築・運用します。
In-House Server
あなたの研究所内のサーバーに、Subriumインスタンスを構築・運用します。

*2 User Account

Administrator
Administratorは、Publicなデータセットを登録したり、Curatorを招待してグループを作成したりすることができます。
Administrator (Limited)
Administratorは、Publicなデータセットを登録できますが、グループを作成することはできません。
Curator
Curatorは、グループプライベートなデータセットを登録したり、自分のグループにメンバーを招待したりすることができます。
Member
Curatorに招待されると、そのグループのグループプライベートなデータセットを閲覧できるようになります。
Guest
すべての訪問者は、ログインしなくてもPublicなデータセットを閲覧することができます。

価格

JPY USD EUR

Shared Plan

共用のSubriumにデータセットを登録する:

あなた自身のデータや、公共のデータセットなどをSubriumに登録して視覚化してみたいときは、共用サーバーへのデータ登録サービスをご利用ください。 プライベートシリーズは、他のユーザーやゲストから見ることはできず、お渡しするユーザー名とパスワードでログインした方のみが閲覧可能です。 パブリックシリーズは、ログイン不要でどなたでも閲覧できます。

このサービスは、登録したいデータの SSA または SOFT ファイルを受け付けます。 その他の形式でデータをお持ちの場合は、わたしたちの Data Analysis Service でデータの変換を承ります。

価格
プライベートシリーズの登録 100 USD / Series
パブリックシリーズの登録 50 USD / Series

Cloud Limited Plan

お客様専用のSubriumインスタンスをクラウド上に構築します。 ただし管理者機能に制限があり、グループを作れません。

初年度 次年度以降
ライセンス 1,000 USD 900 USD
初期費用 500 USD 0
保守費用 500 USD 500 USD
合計 2,000 USD 1,400 USD

Cloud Plan

お客様専用のSubriumインスタンスをクラウド上に構築します。 機能制限はありません。

初年度 次年度以降
ライセンス 2,000 USD 1,800 USD
初期費用 500 USD 0
保守費用 500 USD 500 USD
合計 3,000 USD 2,300 USD

In-House Plan

お客様のサーバーにSubriumインスタンスを構築します。 インターネットに接続しない環境での運用も可能です。

初年度 次年度以降
ライセンス 6,000 USD 5,400 USD
初期費用 5,000 USD 0
機器 お客様にてご用意 0
出張サポート 旅費 *3 旅費
合計 11,000 USD 5,400 USD
  • *3 旅費は契約時に決定します。

Shared Plan

共用のSubriumにデータセットを登録する:

あなた自身のデータや、公共のデータセットなどをSubriumに登録して視覚化してみたいときは、共用サーバーへのデータ登録サービスをご利用ください。 プライベートシリーズは、他のユーザーやゲストから見ることはできず、お渡しするユーザー名とパスワードでログインした方のみが閲覧可能です。 パブリックシリーズは、ログイン不要でどなたでも閲覧できます。

このサービスは、登録したいデータの SSA または SOFT ファイルを受け付けます。 その他の形式でデータをお持ちの場合は、わたしたちの Data Analysis Service でデータの変換を承ります。

価格
プライベートシリーズの登録 100 EUR / Series
パブリックシリーズの登録 50 EUR / Series

Cloud Limited Plan

お客様専用のSubriumインスタンスをクラウド上に構築します。 ただし管理者機能に制限があり、グループを作れません。

初年度 次年度以降
ライセンス 1,000 EUR 900 EUR
初期費用 500 EUR 0
保守費用 500 EUR 500 EUR
合計 2,000 EUR 1,400 EUR

Cloud Plan

お客様専用のSubriumインスタンスをクラウド上に構築します。 機能制限はありません。

初年度 次年度以降
ライセンス 2,000 EUR 1,800 EUR
初期費用 500 EUR 0
保守費用 500 EUR 500 EUR
合計 3,000 EUR 2,300 EUR

In-House Plan

お客様のサーバーにSubriumインスタンスを構築します。 インターネットに接続しない環境での運用も可能です。

初年度 次年度以降
ライセンス 6,000 EUR 5,400 EUR
初期費用 5,000 EUR 0
機器 お客様にてご用意 0
出張サポート 旅費 *3 旅費
合計 11,000 EUR 5,400 EUR
  • *3 旅費は契約時に決定します。

Shared Plan

共用のSubriumにデータセットを登録する:

あなた自身のデータや、公共のデータセットなどをSubriumに登録して視覚化してみたいときは、共用サーバーへのデータ登録サービスをご利用ください。 プライベートシリーズは、他のユーザーやゲストから見ることはできず、お渡しするユーザー名とパスワードでログインした方のみが閲覧可能です。 パブリックシリーズは、ログイン不要でどなたでも閲覧できます。

このサービスは、登録したいデータの SSA または SOFT ファイルを受け付けます。 その他の形式でデータをお持ちの場合は、わたしたちの Data Analysis Service でデータの変換を承ります。

価格
プライベートシリーズの登録 10,000 JPY / Series
パブリックシリーズの登録 5,000 JPY / Series

Cloud Limited Plan

お客様専用のSubriumインスタンスをクラウド上に構築します。 ただし管理者機能に制限があり、グループを作れません。

初年度 次年度以降
ライセンス 100,000 JPY 90,000 JPY
初期費用 50,000 JPY 0
保守費用 50,000 JPY 50,000 JPY
合計 200,000 JPY 140,000 JPY

Cloud Plan

お客様専用のSubriumインスタンスをクラウド上に構築します。 機能制限はありません。

初年度 次年度以降
ライセンス 200,000 JPY 180,000 JPY
初期費用 50,000 JPY 0
保守費用 50,000 JPY 50,000 JPY
合計 300,000 JPY 230,000 JPY

In-House Plan

お客様のサーバーにSubriumインスタンスを構築します。 インターネットに接続しない環境での運用も可能です。

初年度 次年度以降
ライセンス 600,000 JPY 540,000 JPY
初期費用 500,000 JPY 0
機器 お客様にてご用意 0
出張サポート 旅費 *3 旅費
合計 1,100,000 JPY 540,000 JPY
  • *3 旅費は契約時に決定します。

アメリカドルまたはユーロの価格は、為替レートにより事前の告知なく変更されることがあります。

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