FASTQファイル処理受託サービス

次世代シーケンサー(NGS)のデータ処理にさまざまなバイオインフォマティクスツールが使われていますが、ほとんど解析の準備のためのデータ処理にすぎません。 それなのに、ツールの使い方を学ぶのにあまりに多くの時間を使いすぎると思いませんか? NGSが出力するFASTQファイルをお持ちのお客様がデータ処理で時間を無駄にせず、生物学的な解釈に集中していただけるよう、FASTQファイル処理受託サービスを提供しています。

NGSに限らず一般に、測定システムに依存する部分と、依存しない部分に分けて考えてみてください。 システムに依存する部分のデータ処理スキルは比較的短期間で使えなくなるのに対し、依存しない部分のスキルはずっと使えます。 まずは依存しない部分のスキルを習得してから、余裕があれば依存する部分にも手を伸ばすという順番が断然効率が良いのですが、その逆をやって大事なところを疎かにしていることが多いのではないでしょうか。

Technology dependent and independent layers

サービスメニュー

mRNA-Seq Data Processing on a reference genome

FASTQファイルをクオリティコントロール(QC)、フィルタリング、マッピング、数値化の処理にかけ、Subio PlatformにインポートできるcountやFPKMデータに変換します。 QCとフィルタリングにはfastp、マッピングにはHISAT2を使います。 数値化ツールは、Cufflinks、HTSeq、StringTieからお選びいただけます。

多くの場合でReference Genomeはインターネットからダウンロードすることができますが、もしダウンロードできるものが無くて作成する必要がある場合は、Customization Chargeを加算します。

シングルリードもペアードリードも1サンプルあたりの料金は同じです。 ただし、対象のFASTQファイルを圧縮したgzファイルのサイズの合計が20GBを超える場合は、サーバー利用料を加算させていただきます。

7,500 JPY /Sample On preset reference genome 7,500 JPY /Sample + Customization Charge On custom reference genome FASTQ files A Text File (Counts/FPKM)

その他の解析メニュー

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  • mRNA-Seq(De Novo Assembly)
  • ChIP-Seq
  • Methyl-Seq
  • Exome Variation Calling
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