FASTQファイル処理サービス

次世代シーケンサー(NGS)のデータ処理にさまざまなバイオインフォマティクスツールが使われていますが、ほとんど解析の準備のためのデータ処理にすぎません。 それなのに、ツールの使い方を学ぶのにあまりに多くの時間を使いすぎると思いませんか? NGSが出力するFASTQファイルをお持ちのお客様がデータ処理で時間を無駄にせず、生物学的な解釈に集中していただけるよう、FASTQファイル処理サービスを提供しています。

NGSに限らず一般に、測定システムに依存する部分と、依存しない部分に分けて考えてみてください。 システムに依存する部分のデータ処理スキルは比較的短期間で使えなくなるのに対し、依存しない部分のスキルはずっと使えます。 まずは依存しない部分のスキルを習得してから、余裕があれば依存する部分にも手を伸ばすという順番が断然効率が良いのですが、その逆をやって大事なところを疎かにしていることが多いのではないでしょうか。

Technology dependent and independent layers

サービスメニュー

mRNA-Seq Data Processing on a reference genome

TopHatによるマッピングとCufflinksによる数値化を行い、Subio Platformにインポートできるデータに変換します。 Reference Genomeを作成する必要がある場合は、Customization Chargeを加算します。

7,500 JPY /Sample On preset reference genome 7,500 JPY /Sample + Customization Charge On custom reference genome FASTQ files A Text File (Counts/FPKM)

mRNA-Seq Data Processing(De Novo Assembly)

リファレンスゲノムがない場合は、リードをアセンブルして遺伝子とその発現量を推定します。 アセンブルされた遺伝子にはアノテーションがついておりません。 配列をひとつずつBLASTXで検索するのは大変ですし、網羅的な解析もできません。 そこで、アセンブルされた遺伝子のアノテーションデータベースを構築するサービスもオプションで提供しています。 生物学的仮説検証を効率的に行えるようになります。

パイプライン設定料金: 40,000 JPY Database License Fee: 200,000 JPY /Year Database Set Up Fee: 300,000 JPY /DB Database Building Fee: 50,000 JPY /50000 Query De Novo Assembly 25,000 JPY /FASTQ file Annotation DB for Assembled Genes Assembling & Counting by Yourself. FASTQ files A Text File (Counts/FPKM)

ChIP-seq Data Processing

BWAとMACSを使って、リファレンスゲノム(hg19、mm9、mm10のいずれか)にマッピングします。 他のゲノムにマッピングしたい場合はご相談ください。

パイプライン設定料金: 40,000 JPY 15,000 JPY /FASTQ file 15,000 JPY /FASTQ file + Customization Charge On preset reference genome On custom reference genome FASTQ files Text / BED / GFF

Back to Top