FASTQファイル処理サービス

実験をまだされていない方は、プレミアム解析サービスをご検討ください。 また、FASTQファイルの処理をして数値化されたデータをお持ちの方は、データ解析サービスをご検討ください。 FASTQファイルをお持ちの方は、下記をお読みください。

Subio's Products and Services データ解析サービス(アセスメントとして) プレミアム解析サービス FASTQファイル処理サービス データ解析サービス Plug-ins Subio Platform Subrium Balloons are designed by Freepik.

NGSのデータ処理にさまざまなバイオインフォマティクスツールが使われていますが、それは解析の準備をしているにすぎません。 それなのに、あまりに多くの時間を使いすぎると思いませんか?重要なのはデータを解釈し、発見することのはずなのに。

さらに言うと、ショートリードのシーケンス技術はそのうちロングリードのものに置き換わるでしょう。 そして、その後も測定技術は変化し続けるでしょう。 測定技術に依存するツールやアルゴリズムは、その都度置き換わり続けます。 長く使えないスキルの習得に多くの時間を費やすのは無駄だと思いませんか?

Subio Platform と Subrium は測定技術に依存せず、さまざまなオミクスデータを蓄積し、比較し、統合するためのプラットフォームです。 生物学的な観点からデータをよく見て、洞察を引き出し、背後にあるメカニズムの手がかりを発見するスキルと経験は、 将来測定技術が変わろうとも変わらず使えるものですから、無駄になることはありません。 測定技術に依存する部分のデータ処理については、サービスで対応しています。

Technology dependent and independent layers

サービスメニュー

パイプライン設定料金

パイプライン設定料金は、FASTQファイルを処理するプログラムの設定ごとに必要です。

価格
パイプライン設定料金 400 USD
価格
パイプライン設定料金 400 EUR
価格
パイプライン設定料金 40,000 JPY

mRNA-Seq Data Processing(Reference Genome)

このサービスでは、TopHatによるマッピングとCufflinksによる数値化を行い、Subio Platformにインポートできるデータに変換します。 Reference Genomeを作成する必要がある場合は、Customization Chargeを加算します。

15,000 JPY /FASTQ file On preset reference genome 15,000 JPY /FASTQ file + Customization Charge On custom reference genome Mapping & Counting by Yourself. FASTQ files A Text File (Counts/FPKM) パイプライン設定料金: 40,000 JPY

mRNA-Seq Data Processing(De Novo Assembly)

リファレンスゲノムがない場合は、こちらのサービスを固定価格でご利用いただけます。 アセンブルされた遺伝子にはアノテーションがついておりません。 通常はひとつずつ配列をBLASTXにかけて生物学的情報を検索しますが、これは大変な作業ですし、網羅的な解析もできません。 そこで、アセンブルされた遺伝子のアノテーションデータベースの構築をおすすめします。 このサービスでは、BLASTX検索結果のトップヒットだけを集めたテーブルではなく、すべてのホモログ候補を保持するデータベースを構築しますので、生物学的仮説検証を効率的に行えるようになります。

パイプライン設定料金: 40,000 JPY Database License Fee: 200,000 JPY /Year Database Set Up Fee: 300,000 JPY /DB Database Building Fee: 50,000 JPY /50000 Query De Novo Assembly 25,000 JPY /FASTQ file Annotation DB for Assembled Genes Assembling & Counting by Yourself. FASTQ files A Text File (Counts/FPKM)

ChIP-Seq Data Processing

このサービスでは、BWAとMACSを使います。 リファレンスゲノムとしてヒトゲノム(hg19)とマウスゲノム(mm9、mm10)とを用意しておりますので、この中から一つお選びください。 他のゲノムにマッピングしたい場合はご相談ください。 その場合の費用は生物種やお客様からいただけるデータによって異なります。

パイプライン設定料金: 40,000 JPY 15,000 JPY /FASTQ file 15,000 JPY /FASTQ file + Customization Charge On preset reference genome On custom reference genome Mapping & Peak Calling by Yourself. FASTQ files Text / BED / GFF

Variation Data Processing

GATKを使って、SNVコールを行います。対応ゲノムはヒト(hg19)とマウス(mm9、mm10)です。 既にSNVコールされたVCFファイルをお持ちの方も多いでしょう。 VCFファイルはエクセルで作業をするには大きすぎます。 そのような方には、Subdiveを使って視覚化し、探索的データマイニングが行える環境を提供いたします。 データを視覚化することでデータ自体の品質や、解析のポイントが浮かび上がってきます。 そしてさらに、多型のフィルタリングサービスを提供しています。 たとえば、ほとんどのサンプルに共通の多型を除いたり、dbSNPに登録されているものを除いたり、Normal vs. Tumorで頻度の異なる多型を抽出したりします。 どのような基準で多型を抽出するかは、ディスカッションによって決めます。 もし多型の数が十分に少なくなれば、Subio Platform上で視覚化することも可能です。

De Novo Assembly 25,000 JPY /FASTQ file Variation Screening 1-4 samples: 130,000 JPY (Fixed) From 5th sample: 15,000 JPY /Sample SNV Callingby Yourself. VCF Filteringby Yourself. FASTQ files VCF Files パイプライン設定料金: 40,000 JPY

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