TCGA-READ: analysis of the methylation alteration and survival rate.
このチュートリアルは、下記の４つのパートで構成されます。目安の時間をあわせて表記していますので、見る必要のないところは飛ばしていただいて結構です。
Part1 '00"00 - 準備
以前投稿したTCGAのメチル化データを解析するムービーで、５つのNormal-Tumorペアから共通でメチル化状態が低下または上昇しているサイトを抽出しました。まずは、この解析済みデータをインポートして、次に新しくTCGA-READのすべてのデータをインポートします。ここでのポイントは、次のステップに進む前にPlatformを統合しておくことです。
Part2 '02"50 - Setting Up A Series of All Tumor Samples.
TCGA-READのTumorサンプルのSeriesを作成し、意味が引き出しやすいように情報を整えます。さらに、TCGAが提供するサンプルの付属情報を取り込んで、生存率に与える影響を調べる準備をします。
Part3 '06"20 - A Clustering Analysis of Hypo- or Hyper-Methylated Sites.
Tumorに於いて hypo- または hyper- の状態変化を示したメチル化サイトを使って、すべてのTumorサンプルをクラスタリングにかけて分類します。hypo- サイトによりTumorサンプルを４つのクラスターに、そしてhyper- サイトにより２つのクラスターに分類しました。
Part4 '10"15 - Kaplan Meier Survival Curve Analysis
Kaplan-Meier Survival Curve ツールを使って、パラメーターが生存率に与える影響を調べます。面白いことに、hypo- サイトは生存率に盈虚なさそうなのですが、hyper- サイトは予後の良い群と悪い群に分けることができる可能性が示唆されました。
データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレーニングをお申し込みください。
この解析のあと、これらのサイトの下流にある遺伝子の発現プロファイルと、その発現プロファイルの生存率に与える影響について知りたいと思うかもしれません。RNA-Seqのデータおよび解析例はこちらをご覧ください。
SSA Fileのダウンロード
RNA-Seqのデータ
- TCGA READ RNA-Seq (matched with methylation data).ssa (12.8MB)
- TCGA READ RNA-Seq Tumor samples.ssa (159MB)
メチル化アレイのデータ
- TCGA READ methylation (N-T pairs).ssa (35.8MB)
- TCGA READ methylation Tumor.ssa (205MB)