データ解析受託サービス

実験をまだされていない方は、プレミアム実験受託サービスをご検討ください。 すでに測定された実験データをお持ちの方や、測定システムのアセスメントのために他の研究者のデータを詳しくご覧になりたい方は、下記をお読みください。

Subio's Products and Services データ解析受託サービス(アセスメントとして) プレミアム実験受託サービス FASTQファイル処理受託サービス データ解析受託サービス Basic Plug-in Advanced Plug-in Subio Platform System Plug-in Balloons are designed by Freepik.

マイクロアレイやRNA-Seqの発現データ解析の結果というと、ほとんどの人がFold値やP値付きの遺伝子リストや、ヒートマップの図などのことを思うのではないでしょうか。 実際に解析を依頼した場合に帰ってくるのは、エクセルとPDFファイルであることがほとんどです。 しかしこれでは、その結果の信頼性などを含めて解析結果を解釈するには情報が足りません。

一般にデータ解析と呼ばれていることは入り口にすぎません。 オミクスデータの解析で難しいのは、その先の解釈です。 オミクスデータは複雑なので、様々な角度から検証する必要があります。 この多面性により、オミクスデータは人によってさまざまな解釈が可能です。 言い方を変えれば、間違った解釈をしやすいです。 正しく解釈するためには、そのデータの特徴とそれまでの解析手順についてきちんと理解する必要があるのですが、 エクセルやPDFが持つ情報は最初(生データ)と最終(遺伝子リストやヒートマップ)だけなので、検証ができないのです

Subioのデータ解析受託サービスでは、お客様から生データをお預かりしたものを、SSA(Subio Series Archive)ファイルにして納品します。 このSSAファイルをSubio Platformにインポートすると、生データと最終結果はもちろんですが、解析ステップの途中結果もすべてご覧になれます。 データの正規化・前処理、フィルタリング、統計解析、多変量解析などの解析ステップをすべて見ることができ、その一つ一つについて解説しますので、そのデータについてお客様が正しく理解するのをサポートします。

しかし、わたしたちにできるのはここまでです。 この先はお客様ご自身でデータを深く見て、解釈していくことになります。 全体のワークフローをご覧になって、私たちにできる部分と、お客様ご自身でやらなければならない部分をご確認ください。

これまで多くのお客様にご利用いただいており、中にはNature誌の論文になった例もあります。

データ解析受託サービスフロー

解析結果の解釈し、生物学的に有意な発見をすることは非常に困難な作業です。 お客様が立ち向かわなければならないこの困難な作業を、私たちは次の三つの点で支援します。

  1. 無料のオンラインサポート
  2. 「チームによる共同作業」をサポート
  3. 「他の研究データとの比較」をサポート

無料のオンラインサポート

納品時に、ウェブ会議でそのデータの特徴と、限界、そしてもしあれば問題点をSubio Platformを使って具体的に明示しながら説明します。 そして、そのデータの特徴に合わせてどのような解析手法を選択したかを、順を追って解説します。 初心者の方にとっては、これだけでも非常に有用です。 なぜならほとんどの方がデータの特徴に合っているかどうかも考えずに、教科書の手順をそのまま当てはめようとするからです。 オミクスデータ解析について学びたければ、教科書を読むより、多種多様なデータの解析をSubioにご依頼いただくほうがずっと早く、深く学ぶことができます。

その後もご不明な点はウェブ会議でいつでもご相談いただけます。 何度でも無料でご利用いただけますので、一度にまとめてというより、疑問が出てきたときにその都度ご相談いただくのが効果的です。

オンラインサポートのご予約

「チームによる共同作業」をサポート

SSAファイルをチームで共有することも可能ですから、解釈をみんなでやるのも、ディスカッションするのも簡単です。 さらに、第三者による再解析も簡単にできるので、データ解析そのものの信頼性が担保されます。

「他の研究データとの比較」をサポート

自分のデータで気になる挙動を示す遺伝子があったとき、他のデータセットではどのような挙動をしているのかを調べたくなるでしょう。 データ解析受託サービスは、ご自身のデータだけでなく、公共データベースにある大量の実験データについても承ることができます。 これらをSubio Platformに入れておけば、強力な仮説検証ツールとして利用できます(System Plug-inが必要です)。

データセット、および対象となるデータの種類について

このサービスは、サンプルごとではなく、データセット単位での課金となります。 Gene Expression Omnibusでいうと、Data Set (GDS) または Series(GSE)ごとの課金です。 1つのデータセットあたり100サンプルまではスモールデータセット、それ以上のサンプルが含まれる場合はラージデータセットとなります。 また、100サンプル以内のデータセットでも、データ行が10万行を超える場合はラージデータセットとしてカウントします。

通常はお客様に解析するデータセットを指定していただきますが、例えば「miRNAの発現量を測定した研究例を集めて、それぞれの測定手法による違いを調べてほしい」や、「〇〇癌の研究データを集めて解析してほしい」のように、指定されたテーマに関する調査をご依頼いただくこともできます。 この場合は、「ご依頼事項に対する調査」をご注文ください。 納品物にいくつのデータセットが含まれるかは関係なく、調査と作業にかかった時間に対するサービス料として、1週間単位で課金させていただきます。

このサービスの対象となるデータの種類についてですが、基本的にはIDとそれに対応するなんらかの数値のテーブルであれば、どのようなデータにも対応いたします。

対象となるオミクスデータの例:

  • 遺伝子発現データ
  • miRNA発現データ
  • エクソンやスプライシングバリアントの発現データ
  • ChIP-chipまたはChIP-seqデータ
  • CGHデータ
  • DNAメチル化データ
  • プロテオームデータ
  • メチロームデータ
  • 次世代シーケンサーのFASTQファイルはこのサービスの対象外です。 FASTQファイル処理受託サービスを合わせてご利用ください。
  • 質量分析データの解析で、化合物やペプチド等の同定には対応しておりません。 対象物とその量のテーブルをご用意ください。

価格

価格
スモールデータセット *1 200 USD プラグインセットと同時購入で、
75%割引になります。
ラージデータセット 500 USD プラグインセットと同時購入で、
60%割引になります。
ご依頼事項に対する調査
(調査期間 週あたり)
2,000 USD
PDFレポートオプション *2 50 USD
CD/DVD納品オプション *3 50 USD
価格
スモールデータセット *1 200 EUR プラグインセットと同時購入で、
75%割引になります。
ラージデータセット 500 EUR プラグインセットと同時購入で、
60%割引になります。
ご依頼事項に対する調査
(調査期間 週あたり)
2,000 EUR
PDFレポートオプション *2 50 EUR
CD/DVD納品オプション *3 50 EUR
価格
スモールデータセット *1 20,000 JPY プラグインセットと同時購入で、
75%割引になります。
ラージデータセット 50,000 JPY プラグインセットと同時購入で、
60%割引になります。
ご依頼事項に対する調査
(調査期間 週あたり)
200,000 JPY
PDFレポートオプション *2 5,000 JPY
CD/DVD納品オプション *3 5,000 JPY
  • *1 スモールデータセットとは、10万行以下且つ100サンプル以下。それを超えるものはラージデータセット。
  • *2 ウェブ会議にてデータおよび解析手法の解説をしますが、その内容をファイルとして保存しておきたい方にはPDFレポートを作成します。
  • *3 物品による検収が必要で、ダウンロードによるデータ納品が受け付けられない場合には、こちらのオプションを追加してください。

お見積もり

お申し込みを検討されている方は、下記のフォームにご注文内容を入力し、支払方法・出荷方法を選択して"Calculate"ボタンを押してください。

"Calculate"ボタンを押すと合計金額が表示されますので、内容をご確認いただき、よろしければ、お名前・ご連絡先等を記入して見積依頼を送信してください。 その後、担当よりメールでご連絡差し上げます。

JPY USD EUR

データセットとオプション

200 USD 200 EUR 20,000 JPY
500 USD 500 EUR 50,000 JPY
2,000 USD 2,000 EUR 200,000 JPY
50 USD 50 EUR 5,000 JPY
50 USD 50 EUR 5,000 JPY

支払方法と出荷方法

代理店を選択した場合、代理店の手数料が別途加算されます。

サービスご利用の流れ

1 遺伝子アノテーションファイルを用意する

RNA-Seqの場合は特に必要ありませんが、このアノテーションをつけてほしいというデータがありましたら、テキストファイルをご用意ください。

アフィメトリクスやアジレントから市販されているカタログアレイをお使いでしたら、そのアレイの名前を教えていただくだけで結構です。 IDを控えておいてください。

カスタムマイクロアレイの場合は、メーカーより提供されるテキストファイルをご用意ください。

2 実験データファイルを用意する

下記のいずれかの形式で、実験データをご用意ください。

  • RNA-Seqのcounts、FPKM または RPKMのテキストまたはエクセルファイル
  • 遺伝子発現、miRNA、エクソン、CGHなどのマイクロアレイ実験の生データ(テキスト、エクセル、CELファイルなど)
  • ChIP-seqまたはMethyl-seqのBED またはテキストファイル
  • プロテオームまたはメタボロームのテキストファイル
  • GEOのアクセッションID(GSEまたはGDS番号)や、解析したいデータセットの生データをダウンロードできるウェブサイトのURL

もし、どのファイルを送ればよいかわからない時は、ウェブ会議で画面を見せていただきながら指示させていただきますので、オンラインサポートをお申し込みください。

3 サンプル名と実験パラメータとの対応表などを用意する

サンプル名(ファイル名)と実験パラメータを関連付ける表を、テキストまたはエクセルファイルでご用意ください。

また、実験デザインおよび目的について資料があればご準備ください。 どのような発現パターンを示す遺伝子に興味があるのかなどがございましたら、それも資料の中でお知らせください。

4 ファイルを送る

上記の手順1~3でご用意いただいたファイルを、1つにまとめてZIPで圧縮してください。 このZIPファイルをお問い合わせページからお送りください。

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5 解析結果を受け取る

解析結果は、SSAまたはSOAファイルで納品されます。 これは、Subio Platformにインポートすることでファイルの中身をご覧いただけるようになります。 Subio PlatformのPlatformメニューから、"Import Archive..." を選んでインポートしてください。

6 ウェブ会議で説明を受ける

データ解析受託サービスには、ウェブ会議による解説が含まれています。 生データの特徴と、その特徴に合わせた解析手順の説明をさせていただきます。 この説明を受けて、解析方法の変更や追加のご依頼があれば承ります。 その場合は、後日SSAまたはSOAファイルを再度納品いたします。 それより後の追加解析は、改めてデータ解析受託サービスをご利用ください。

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