Subio Platformのご紹介

マイクロアレイ・NGSをはじめとするオミクスデータ専用解析ソフトウェア
~チームで生物学的意味を引き出す共同作業を実現するために~

何も考えない統計解析は、もう終わりにしよう

もしあなたが次のようなソフトを探しているなら、GeneSpringでもR/Bioconductorでも、どの解析ソフトを選んでもかまいません。 多少の差こそあれ、代替できないというほどの違いはないからです。

  • 簡単に結果を出して、無駄な時間を使いたくない。
  • 教科書や論文に記載されている方法と同じやり方で解析したい。
  • 真似するだけで解析ができるマニュアル・チュートリアルがほしい。

しかし、もしあなたのニーズが次のようなものなら、Subio Platform以外の選択肢はないでしょう。

  • 解析したが、よくわからない結果だったことがある。今回は何か別の方法を探している。
  • 解析ソフトの使い方だけでなく、データ解析について経験豊富な人に相談しながら深く学びたい。
  • 個人の狭い視野を超えるためにチームでデータを共有し、ディスカッションをして生物学的発見につなげたい。
  • 実験データを一報の論文を書くだけで終わらせず、将来にわたって利用できる長期的資産にしたい。

Subio Platformで何ができる?

データ解析のワークフローは、解析ガイドでご覧いただけます。 この中で黒い四角のパートが無料のSubio Platformでできることです。 データ解析というと統計学の手法を適用することだけを想像する方が多いと思いますが、解析の本質は、データの特徴を理解し、生物学のコンテキストで解釈することです。 つまり、Data Browsingこそ解析の心臓部です。

「どうせ無料の機能だけではたいした解析できないんでしょ?」と思っている方も多いかもしれません。 しかし、解析にとって有料のプラグインは必須ではありません。 Subio Platformの高機能なViewerを使いこなせば、マウスをドラッグするだけで本質的な解析は可能です。 Excelはもちろん、R・Bioconductorを使うよりもデータを深く理解し、生物学的知見を引き出すことができます。

ムービーで詳しく見る

プラグイン無しで、無料のSubio Platformだけでできること 詳細

各Viewerの詳細を見る

Scatter Plot (Measurement) の使い方 詳細
Line Graph の使い方 詳細
Tree View の使い方 詳細
Pathway View の使い方 詳細
Genome View の使い方 詳細
Scatter Plot (Samples) の使い方 詳細
ベン図ツールの使い方 詳細

ユーザーフレンドリーを標榜する多くのソフトウェアでは、ユーザーが特に何もしなくても自動的に正規化と前処理を終わらせてくれます。 しかし、オミクス実験の生データは標準化できるほど一様ではありません。 機械的に不適切な処理が施されたデータは、当然ながら解析結果もおかしくなります。 R・Bioconductorを使った解析も同じ問題を抱えています。 少なくとももっと賢くなるまでは、自動正規化機能をあてにしないほうがいいでしょう。

それでは、解析ソフトがするべきこと(できること)は何でしょうか? 私たちは、解析者が適切に判断できるよう、データをわかりやすく視覚化することだと考えました。 そのためにSubio Platformでは、データの分布をわかりやすく提示し、ある処理を適用したときにデータがどのように変化したかを確認できるようになっています。 ユーザーは試行錯誤しながら、または誰かに相談しながら、データの特徴に合わせて適切な処理を選択することができます。

このような作業は、はじめは難しいと思います。 しかしこの作業を通して、データの限界を見定めて解析結果を適切に解釈することができるようになるのです。 そこで私たちは、安易な自動化機能を搭載した解析ソフトを作るのではなく、経験豊富なスタッフによる相談を無料で受けられるサービスを提供することにしました。 Subioは、きちんとデータに向き合いたい研究者をサポートします。

ムービーで詳しく見る

正規化と前処理の適切なやり方を見つける。 詳細
Paired T-test のやりかた 詳細
Fill Missing Values ブロックの使い方 詳細

オミクスの面白いところは、注目している遺伝子以外も測定してしまっているということです。 遺伝子やその他の生物学的な情報・知識は、現在爆発的に増えていますので、そのデータから今取り出せる情報がすべてではなく、将来解析しなおすとまた新しい発見があるのです。 一回解析して終わり、ではもったいない。 ExcelやRでは、そのデータの本当の価値を引き出しきることはできません。

また、技術開発によりオミクスの種類も増えています。 一つのオミクスデータは複雑な生命システムの一側面しかとらえていません。 過去のデータも、新しいデータと組み合わせてみることで新しい発見があるでしょう。 Subio Platformはどの測定システムに対しても中立で、どのような数量データも解析することができます。 時間とともに変遷する様々な実験データを一元的に管理し、組み合わせて統合解析するためのしくみを備えています。

さらに、NCBIのGEOデータベースGDCのTCGAやTARGETプロジェクトの膨大なマルチオミクスデータを簡単にインポートできるようになっています。 他人がすでに解析しているからといって、そこからすべての情報が引き出されたわけではありません。 公共データも手元に置いて、いつでも調べられるように準備しておくことも、自分の実験データの潜在的可能性を引き出すことにつながります。

ファイルから実験データをインポートするには

エクセルに保存されているデータをインポートする。 詳細
RNA-Seqのデータ(Counts / FPKM / RPKM)をインポートする。 詳細
アジレントのマイクロアレイデータをインポートする。 詳細
アフィメトリックスの GeneChip データをインポートする 詳細

公共データベースの実験データをインポートするには

GEOから発現データをインポートして、解析する。 詳細
TCGAのRNA-Seqデータをインポートする 詳細
TCGA の miRNA-Seq データをインポートする。 詳細
TCGA のメチル化データをインポートする 詳細

データ解析を誰かに依頼した場合、最終結果だけをExcelかPDFでもらうことが多いでしょう。 生物学の実験で完璧はありえませんから、本来であれば実験生物学者がディスカッションに参加して、実験デザインや生物学的予測を加味してどのように解析を進めるか判断する必要があります。 しかし、現実にはそのような議論の機会はなく、データ解析はブラックボックスになりがちです。

もちろん最終結果だけでなく生データもお持ちでしょうが、生データを第三者が再解析して客観的なセカンドオピニオンが提示されるということは、現実的にはほとんどありません。 つまり、生データがあるというだけでは、データ解析の信頼性が保証されていることにはなっていないのが実情です。

そこでSubio Platformでは、SSAというファイル形式でデータ出力できる仕組みを提供しています。 SSAファイルの中には、生データはもちろん、遺伝子アノテーションなどの生物学情報、実験パラメーターやプロトコルなどの実験に関する情報、最終および途中の解析結果、付随実験の結果や関連論文などの添付ファイルなどが全部入っています。 SSAファイルを受け取ったら、Subio Platformにドラッグ&ドロップするだけでこれらの情報に簡単にアクセスできるので、解析に問題がなかったかを複数の人で確認できます。

さらに、もらったSSAファイルをもとに、それぞれ独自の追加解析を進めることができます。 さまざまな知識やスキルを持ったメンバーがそれぞれの視点でデータを解析することで、個人の狭い視野を超えたさまざまなアイデアや発見がもたらされる可能性が高まります。 チーム全体でオミクスデータ解析に関わり、ディスカッションと共同作業を経験するのは、絶好の教育機会でもあります。 長期的に見れば、研究チームとして決定的な競争力を育むでしょう。 活発なデータ共有は、もはや長期戦略です。

ムービーで詳しく見る

SSAファイルで、オミクスデータの深く共有する。 詳細

たとえばGeneSpringのような市販の解析ソフトでは、ふつうライセンスが切れたらソフトウェアを起動できず、自分のデータすら見ることができなくなります。 これではオミクスデータを長期的資産にすることは適いません。 データ共有やディスカッションも、相手が同じ解析ソフトのライセンスを持っていなければ支障が出ます。

Subio Platformでは、便利な解析ツールをプラグインとして有料で提供していますが、それらは必要な期間だけ購入することができます。 ライセンスが切れた後も保存されているすべての解析結果を見ることはもちろん、上述のとおり本質的な解析はプラグインがなくてもできます。 プラグインを持たないチームメンバーに解析結果をSSAファイルで渡した場合も同様です。 解析にかかわるメンバー全員がプラグインを購入する必要はなく、ほとんどの人は無料のSubio Platformだけでデータ解析の議論と作業に参加できます。

無料のSubio Platformと有料のプラグインを組み合わせて使うことで、研究チームには次のような変化が生まれます。

  1. データ解析を担当者任せにしない。
  2. データ解析を難しい専門用語でブラックボックスにしない。
  3. 誰もがデータ解析の議論と作業に参加することで、アイデアが創発する。

超複雑なオミクスデータから価値ある情報を引き出すのに必要なのは、このような"深い"共同作業環境ではないかと、私たちは考えます。

プラグインの機能の詳細

プラグインページへ

ここまでSubio Platformが他の選択肢に比べて優れているところを述べてきましたが、もちろん弱点はあります。

知名度が低い

Excel、R、GeneSpringに比べるとSubio Platformはほとんど知られていません。 無名のソフトなので心配に思う人も多いでしょう。

Subioは、設立当初より開発とサポート以外の余計なコストをかけず、その分価格を下げることを経営方針としてきました。 ですから、Subioには営業がいません。 学会に出展することもなく、メディア広報もしません。

営業や広報に時間やコストをかけない分、ただただ地道に実績を積み、ユーザーからのフィードバックを取り入れた改良を重ねてきたので、ソフトウェアの完成度は他を凌駕していると自負しています。 使い込むほどに、痒い所にも手が届く使い勝手の良さを実感していただけるでしょう。

知名度が低くとも、解析データを研究論文として投稿するのに問題はありません。 論文投稿する際、レフリーからコメントがつけられた場合は、技術サポートが支援します。 多くのユーザーに10年近くも使い続けていただいているソフトです。 Subio Platformを使用している研究論文のリストをご覧ください

統計解析機能が少ない

Subio Platformは、ウェットの研究者が簡単に使えるソフトを目指して設計しています。 このため搭載する解析機能は慎重に制限しています。 しかし、Subio PlatformからRにデータを渡したり、Rから解析結果を受け取ったりできます。 高度な解析機能を持つR・Bioconductorと、インタラクティブな操作のできるViewerとデータ管理機能を持つSubio Platformは、互いに補完しあう最強の組み合わせです。

「高度に洗練された」統計機能ほど、実は適用条件が厳しいのですが、ユーザーはその制限を無視して濫用しがちです。 特に生物学系学会におけるP値の濫用は目に余ります。 従って、適用範囲が狭い機能を排除し、汎用的に使える機能を搭載しています。

それから、歴史的に意味を失った機能を排除しています。 たとえばz-score normalizationは、初期の粗悪なマイクロアレイには必要だったものの、安定した測定値が得られるようになってからは必要なくなった手法の一つです。 むしろ、分散の違いは重要な生物学的情報であるにもかかわらず、この違いを見えなくしてしまう弊害のほうが勝るようになりました。

文献主義や網羅主義に陥らず、目の前のデータに適した処理を選択しやすい解析ソフトがSubio Platformの目指すところです。 しかし、時にはSubio Platformから排除された機能が必要なこともあるでしょう。 そこで、Subio Platformは高度な解析機能を持つR・Bioconductorと連携して働くしくみを備えています。 RとSubio Platformは、互いに補完しあう最強の組み合わせです。 Rのプログラムを作れない場合は、ソフトウェア開発サービスをご利用いただけます。

一方、GeneSpringなどほかの商用ソフトを現在お使いで、ある機能がSubio Platformにないために乗り換えができないとお考えでしたら、Subioのソフトウェア開発サービスをご検討ください。 開発費はかかりますが、その後のライセンス料の差額を考慮すれば、十分に採算がとれます。 低予算で使いやすいソフトウェアを作るのは、Subioの得意とするところです。

ムービーで詳しく見る

R/Bioconductorと連携して、高度な統計解析を実行する。 詳細

解析ソフトを比較検討するとき、はじめは解析機能ばかりに目を奪われがちだと思います。 しかし、実際の解析作業で効率よく仕事をするのに必要なのはそれだけではありません。 ぜひ、広い視野で下記の項目にも注目してご検討ください。

項目 Subio Platform GeneSpring または
市販の解析ソフト
R + Bioconductor Excel + PDF
視覚化・操作性
統計解析機能
試行錯誤のしやすさ・探索的データマイニング
データ管理
データ共有・共同作業
運用コスト
技術サポート・トレーニング
知名度・使える人の多さ
拡張性
(機能・解析に携わる人数・データサイズ)

Subio Platformを無料でダウンロード

下のフォームに必要事項をご記入後、ダウンロードボタンをクリックしてSubio Platformをダウンロードしてください。

必要システム構成

  • Windows 7 (64-bit) 以降 / OS X 10.9 以降
  • 2 GHz 以上のプロセッサー
  • 4 GB 以上の RAM
  • 5 GB の空き容量のあるハードディスク
  • 1024 x 768 以上の画像解像度をサポートしているディスプレイ

お客様情報

* 必須項目

使用許諾契約書とプライバシーポリシー

Subio Platform End User License Agreement version 1.4

This Agreement, and any new versions, between Subio and You, covers all Your use of Subio Platform and Plug-ins from any terminals. Unless You have another agreement directly with Subio that controls and alters your use or distribution of Subio Platform, the conditions of the applicable license agreements below apply to you.

1. Definitions.

Agreement
this End User License Agreement, as may be renewed and/or amended from time to time.
You (or Your)
an individual or a legal entity exercising rights under, and complying with all of the terms and conditions of, this License or a future version of this License issued under Section2.8.
Subio
Subio Inc., headquartered in Amami island, Japan.
Plug-in Partner
an individual or a legal entity who develops and provides Plug-ins, which are distributed together with Subio Platform.
Subio Platform
Subio Platform, which Subio creates, owns and distributes exclusively. All Plug-ins depend on Subio Platform and they don't work alone nor even start without Subio Platform.
Plug-in
a software created by Subio or Plug-in Partners that works with, adds a variety of functionalities to and distributed together with Subio Platform. You will Activate a Plug-in to use it from a computer installing Subio Platform.
Activate (or Activation)
to authorize one computer to use a Plug-in for one year, by exercising a Serial Number.
Activation Key
a file created as a result of Activation, and it is necessary for Subio Platform to access to the Activated Plug-in.
Serial Number
Plug-in customers will purchase Serial Numbers from Subio or a reseller. Serial Number can be exercised only one time from a computer which is connected to the internet.

2. License and Restrictions

2.1 License of Subio Platform

Subject to the terms and conditions of this Agreement, Subio hereby grants You a limited, personal, non-commercial, non-exclusive, non-sublicensable, free of charge license to download, install and use Subio Platform on Your computer. You may use Subio Platform and Plug-ins anywhere like universities, research institutions, home or at work.

2.2 No Granting of Rights to Third Parties

You will not sell, assign, rent, lease, distribute, export, import, act as an intermediary or provider, or otherwise grant rights to third parties with regard to Subio Platform, Plug-ins or any part thereof.

2.3 No Modifications

You will not undertake, permit or authorize the modification, creation of derivative works, translation, reverse engineering, decompiling, disassembling or hacking of Subio Platform or any part thereof except to the extent permitted by law. Only one exception is that You are allowed reverse engineering of Subio.jar, Subio64.exe and jp.subio.plugins.b.jar.

2.4 Third Parties

Subio Platform incorporates and distributed together with software which are owned and controlled by third parties. Any such third party software falls under the scope of this Agreement. Any and all other third party software that may be distributed together with Subio Platform will be subject to You explicitly accepting a license agreement with that third party. You acknowledge and agree that You will not enter into a contractual relationship with Subio regarding such third party software and You will look solely to the applicable third party and not to Subio to enforce any of Your rights.

2.5 Use of Plug-ins

Subio Platform incorporates and distributed together with Plug-ins which are owned and controlled by Subio or Plug-in Partners. To use Plug-ins, You must purchase Serial Number for each Plug-in from Subio or resellers. If You buy them in Japan, You are also responsible for paying consumption tax. You will explicitly acknowledge the End User License Agreement of the Plug-in by its Activation. Once You have Activated a Plug-in, You may not change the expiration date and the authorized computer. You are not allowed to try, do nor inform any ways of Activation other than the instruction provided by Subio.

2.6 Prohibition of Plug-in Development

You are not allowed to create and distribute Plug-ins, unless You explicitly sign the Subio Plug-in Partner Agreement or an alternative agreement and comply with the terms and conditions thereof.

2.7 Exclusive Ownership

Any and all IP Rights in Subio Platform, contents of Subio website, all materials and documents which are created by Subio are and shall remain the exclusive property of Subio and/or its licensors. Nothing in this Agreement intends to transfer any such IP Rights to You.

2.8 New Versions of Subio Platform and Plug-ins

Subio, in its sole discretion, reserves the right to add additional features or functions, or to provide programming fixes, updates and upgrades, to Subio Platform and Plug-ins. Subio has no obligation to make available to You any subsequent versions of Subio Platform and Plug-ins. You may have to enter into a renewed version of this Agreement, in the event You want to download, install a new version of Subio Platform.

2.9 Suspension

Subio may, in its sole discretion and to the maximum extent permitted within Your jurisdiction, modify or discontinue or suspend Your ability to use any version of Subio Platform and Plug-ins, and/or disable any Subio Platform You may already have accessed or installed without any notice to You, for the repair, improvement, and/or upgrade of the underlying technology or for any other justifiable reason, including but not limited to, circumstances where You, at Subio's discretion, are in breach of this license, creating problems, possible legal liabilities, or engaging in fraudulent, immoral or illegal activities, or for other similar reasons.

3. Disclaimer of Warranties and Limitation of Liability

3.1 No Warranties

Installing Subio Platform enables You to manage, visualize and analyze Omics data. Subio cannot guarantee that You will always be able to get correct calculations and visualizations, nor can Subio guarantee that You can store data entirely and perfectly without inadequate modifications or losing integrity of the data. Subio Platform and Plug-ins are provided “as is” with no warranties whatsoever; Subio does not, either expressed, implied or statutory, make any warranties, claims or representations with respect to Subio Platform and Plug-ins, including, without limitation, warranties or conditions of quality, performance, non-infringement, merchantability, or fitness for use for a particular purpose. Subio further does not represent or warrant that Subio Platform and Plug-ins will always be available, accessible, uninterrupted, timely, secure, accurate, complete and error-free, nor does Subio warrant any quality of analysis with the Subio Platform and Plug-ins.

3.2 Your own Risk

Maintenance of Your computer and backup of Your data is entirely responsibility of You. You may be exposed to information security risks by using Subio Platform and Plug-ins with on-line resources. You further acknowledge and agree that the entire risk arising out of the use or inability to use Subio Platform and Plug-ins remains with You, to the maximum extent permitted by law. You understand, therefore, that You use Subio Platform and Plug-ins at Your own risk.

3.3 No Liability

The Subio Platform is being provided to You free of charge. You acknowledge and agree that Subio and its licensors and Subio staff will have no liability in connection with or arising from your use of Subio Platform and Plug-ins. Your only right or remedy with respect to any problems or dessatisfaction with Subio Platform and Plug-ins is to immediately uninstall and cease use of such Subio Platform and Plug-ins. Any indirect, incidental, special or consequential damages (including without limitation any loss of or corruption to data, interruption, computer failure or pecuniary loss) arising out of the use or inability to use Subio Platform and Plug-ins; and any loss of income, business or profits (whether direct or indirect) arising out of the use or inability to use Subio Platform and Plug-ins; any loss or damage which may be incurred by You as a result of;

  1. Any errors or incorrect calculations when using Subio Platform and Plug-ins;
  2. Any interruption or inability to use Subio Platform and Plug-ins or their functionalities due to network error or inaccessibility and unavailability of server;
  3. The suspension or termination of this agreement by You or by Subio for any reason; and
  4. The release or the decision not to release new versions of the Subio Platform and Plug-ins to you.

The limitations on Subio's liability to You described above shall apply whether or not Subio or the Subio staff has been advised of the possibility of such losses or damages arising.

3.4 Jurisdiction's Limitations

As some jurisdictions do not allow some of the exclusions or limitations as set forth above, some of these exclusions or limitations may not apply to You. In such event the liability will be limited to the maximum extent possible within the applicable legislation.

4. Miscellaneous

4.1 Entire Agreement

The terms and conditions of this Agreement constitute the entire agreement between You and Subio with respect to the subject matter hereof and will supersede and replace all prior understandings and agreements, in whatever form, regarding the subject matter. Nothing in this clause shall exclude or restrict the liability of either You or Subio arising out of fraud or fraudulent misrepresentation.

4.2 Partial Invalidity

If any provision, or any part of a provision, is found by any court or administrative body of competent jurisdiction to be illegal, invalid or unenforceable, and the provision (or part-provision) in question is not of a fundamental nature, the legality, validity or enforceability of the remainder of the terms and conditions of this Agreement (including the remainder of the term which contains the relevant provision) shall not be affected.

4.3 No Waiver

The failure to exercise, or delay in exercising, a right, power or remedy provided by this Agreement or by law shall not constitute a waiver of that right, power or remedy. If Subio waives a breach of any provision of the terms and conditions of this Agreement shall not operate as a waiver of a subsequent breach of that provision, or as a waiver of a breach of any other provision.

4.4 No Assignment

You are not allowed to assign the terms and conditions or any rights hereunder. Subio is allowed at its sole discretion to assign the terms and conditions or any rights hereunder to any third party, without giving prior notice.

4.5 Applicable Law and Competent Court

The terms and conditions of this Agreement shall be governed by and interpreted in accordance with the laws of Japan and shall be subject to the jurisdiction of the courts of the district of Kagoshima.

4.6 Language

The original English version of this Agreement may have been translated into other languages. In the event of inconsistency or discrepancy between the English version and any other language version, the English language version shall prevail.

You expressly acknowledge that you have read this agreement and understand the rights, obligations, terms and conditions set forth herein. By installing Subio Platform, You expressly consent to be bound by its terms and conditions and grant to Subio the rights set forth herein.

お使いのオペレーティングシステムはサポート対象外の可能性があります。下のボタンよりご希望のプラットフォームをお選びください。

オンラインデモのリクエスト

ウェブ会議を使ってSubio Platformとプラグインのデモをさせていただきます。 データ解析というと統計解析ばかりが注目されがちですが、本当はデータをきちんと見ることが大切だということを実際に見ていただくことで、多くの方に高く評価していただいております。 あなたにとって有用なツールかどうかは、どうぞデモをご覧になってお決めください。

Request a Demonstration

お客様の声

Anonymous

Academia

大学研究者Aさん

GeneSpringと比べて安価であること。かつRとBioconductorで解析するのに比べて、安心できます。
Subio Platform自体がフリーなので、解析用PCは1台でも、各自が自分のデータを持ち帰って自分のPCで解析できること。
Identifierと対応づけてさまざまな遺伝子リストを取り込んで解析するとき、Platformを作りこむとき、データをエクスポートするときに、Excelとの相性がよい点が便利。
カスタマイズ性の高さ。データがどのように処理されているのかわかりやすいので、問題への対処もしやすい。

Anonymous

Academia

大学研究者Bさん

ソフトがフリーであるためデータ共有がし易く、plug-inも低価格なので解析のハードルが低い。

Anonymous

Academia

政府系機関研究者Cさん

直接、使い方の指導を受けられたり、オンラインでの質問にも丁寧に答えていただけたり、サポートがしっかりしていること

この他のお客様からのコメントもどうぞご覧ください。

Back to Top