RNA-Seq解析では、edgeRやDESeq2などを使い、標準的なプロトコルに従えば解析結果を出すことができます。 しかし、データの分布、低発現領域、サンプル間のばらつき、外れ値、バッチエフェクトなどは、教科書の説明や統計モデルの前提から想像されるよりもはるかに複雑です。
標準的な手順や既定値をそのまま適用するだけでは、そのデータに特有の問題を見落とすことがあります。 自動実行では、なおさらそのリスクが高まります。
Subio Platformは、RNA-Seq解析、マイクロアレイ解析、DNAメチル化解析、マルチオミクス解析に対応した、Windows / Mac用のデータ解析ソフトウェアです。
RNA-SeqのGene Counts、TPM、FPKMなどを取り込み、PCA解析*、クラスタリング解析*、発現差解析（DEG解析）*、エンリッチメント解析（GO・Pathway解析）*などを行えます。 解析手順がそのデータに適しているか、得られた結果が妥当かどうかを、ステップごとに確認しながら丁寧に解析を進めるためのソフトウェアです。
だからといって、RやPython、自動実行プログラムに代わるものではありません。 これらによる標準化と効率化を活かしながら、異なるバックグラウンドを持つ専門家が結果を確認し、議論し、共同で解析を進めるためのソフトウェア基盤です。 一方、小規模な発現差解析では、自動実行による効率化のメリットはほとんどありません。 そのような解析では、データを確認しながら進められるSubio Platformは最優先で検討すべき選択肢です。
Subio Platformの基本機能は無料で利用できます。
*が付いた機能は、プラグインで提供されています。
Windows / Mac 対応
2009年のリリース以来、オミクス研究を現場で支えています。
Subio Platformでは、複数のデータ可視化ツールを使って、さまざまな角度から得られた知見を関連付けながら、解析結果の妥当性を検討できます。
データを見ながら考えることで、単に「結果が出た」状態から、
その結果の根拠を自分で確認し、第三者に説明できる状態へ進めます。
初めての方は、データの取り込みから正規化、フィルタリング、PCA、クラスタリング、発現差解析、エンリッチメント解析までを確認できるRNA-Seq解析チュートリアルから始められます。
Subio Platformは、RNA-Seq解析をはじめとするオミクスデータ解析において、RやPythonと競合するものではなく、補完し合うソフトウェアです。
Subio Platformが「直感的な可視化とデータ管理」を担い、RやPythonが「高度・専門的な統計計算」を担うことで、データを見て理解しながら、必要に応じて解析を拡張できます。
詳しくはこちら：
RNA-Seqデータ解析の新しいスタイル｜R/Pythonで解析 × Subioで可視化・データ管理
| 使いやすさ | 解析の理解しやすさ | 拡張性 | |
|---|---|---|---|
| コマンドラインツール（RやPythonなど） | △ | △ | ○ |
| GUIツール（特にブラウザベース） | ○ | △ | △ |
| Subio Platform（GUI＋スクリプト連携） | ○ | ○ | ○ |
※ ○は各観点において高い適合性を示します。
△は性能が低いことを意味するものではありません。
コマンドラインツールは、初心者には難しく感じられる一方、習熟した利用者にとっては非常に柔軟で拡張性の高い環境です。
一般的なGUIツールでは、表示内容や実行できる処理がツール仕様に依存するため、解析プロセスの確認や自由な拡張に制約が生じる場合があります。
Subio Platformは、GUIによる直感的な操作性と、スクリプト連携による柔軟性・再現性を両立できるよう設計されています。
コードが書けなくても、生成AIを使ってR / Pythonスクリプトを作成しやすくなりました。 しかし、その結果が研究目的に合っているか、妥当な解析になっているかを判断するのは解析者自身です。 これからは、コードを書く力そのものよりも、生成されたコードを読み、得られた結果が研究目的に合っているかを判断する力が重要になります。
実際の操作は、以下の記事で具体的に解説しています：
Subio Platformを使って解析していれば、ご自身の実験データだけでなく、GEOやTCGAといった公共データも取り込むことができます。 日々の解析結果は蓄積され、検索・再解析可能な「生きたアーカイブ」として活用できます。
過去のデータは、単なる記録では終わりません。
新しい視点による再発見を待つ、研究資産です。
ケーススタディ339：
肝細胞癌（HCC）の複数データセットを比較したところ、遺伝子発現はプラットフォーム（RNA-Seq／マイクロアレイ）を越えて一貫している一方で、miRNA発現はデータセット間で驚くほど一致していませんでした。
注目すべきは、miRNA発現は各データセット内では一定の整合性を示している点です。すなわち、この問題は単一のデータセットを見ているだけでは見えず、複数のデータセットを比較して初めて明らかになります。
ケーススタディ189：
マウス乳腺発生に関する独立した複数のデータセットを比較したところ、研究間で非常に高い一貫性を示す発現パターンが確認されました。
これは、データを蓄積し比較可能にすることで、情報の信頼性を評価し、信頼できる結果を見極めることが可能であることを示しています。
Scan Genes over Seriesツール（System Plug-in）：
GEO Profilesのような検索を、Subio Platformに蓄積されたデータに対して実行できます。
特定の遺伝子が他のSeries（データセット）でどのような挙動を示すかを、プラットフォームや生物種の違いを越えて一覧することが可能です。
Subio Platformは、RNA-Seq、マイクロアレイ、DNAメチル化、プロテオミクス、ChIP-Seq、ATAC-Seqなど、幅広いオミクスデータを取り込み、可視化・解析するだけでなく、再利用可能な形で蓄積することができます。 また、GEOやTCGAなどの公共データベースのデータを取り込み、再解析や比較解析に活用することも可能です。
難しいと感じた場合は：
公共データベースには多種多様なオミクスデータが蓄積されており、初めて扱う形式に出会うことも少なくありません。
未知のデータを扱うには、幅広い知識と経験が求められます。
もし扱いが難しいと感じた場合は、Subioのデータ解析サービスをご利用ください。
ご希望のデータセットをSSA形式で納品し、そのままあなたの「アーカイブ」に追加できます。
Subio Platform独自の「SSAファイル」は、RNA-Seq解析をはじめとするオミクスデータ解析の結果を、単なる保存形式としてではなく再利用可能な形で扱うための仕組みです。
生データ、統計解析結果、解析パラメータ、研究ノートや関連資料（PDF）まで、解析作業のすべてを一つのファイルにパッケージ化します。
追加コストは不要で、簡単なインストールだけで、受け取った側でもその場で即座に再現・再解析できます。
Subio Platformの基本機能は無料で利用できます。まずは、データの可視化や管理、公共データの再解析などを、ご自身のPCでお試しください。 よく使う解析を短時間で実行したい場合や、高度な解析機能を利用したい場合は、プラグインの利用もご検討ください。
詳しくはこちら：
プラグインなしでも、ここまでできる：Subio Platformの無料基本機能が支えるオミクス解析
Subio Platformでは、独学で解析を進める方のために、ソフトウェアの使い方やチュートリアル、トラブルシューティング、ケーススタディを豊富に発信しています。 まずは自分で手を動かし、データの本質に迫ってみましょう。
独学で手順を追うだけでは不安な方や、解析にかかる時間を節約したい方には、データ解析サービスやマンツーマンのオンライントレーニングもご利用いただけます。 あなたの研究フェーズに合わせて、最適なサポートを選択してください。
はい。 Subio Platformは、RNA-SeqのGene Counts、TPM、FPKM、RPKMなどの発現量データを取り込み、正規化、フィルタリング、PCA、クラスタリング、ヒートマップ、発現差解析結果の可視化、GO解析・Pathway解析までを、プログラミングなしで進められるRNA-Seq解析ソフトウェアです。
はい。 Subio Platformでは、RNA-SeqデータをGUI上で可視化しながら解析できます。 コマンド操作を覚えることよりも、データ分布、サンプル間の違い、クラスタの意味、発現差解析結果の妥当性を確認しながら、解析の流れを理解することを重視しています。
はい。 Subio Platformでは、RNA-SeqのGene Counts、TPM、FPKM、RPKM形式のデータを扱えます。 発現差解析にはGene Countsを使うのが基本ですが、TPMやFPKMもPCA、クラスタリング、ヒートマップなどの可視化や探索的解析に利用できます。
はい。 Subio Platformは、RNA-Seq解析だけでなく、マイクロアレイ解析、DNAメチル化解析、さらにChIP-chip、ChIP-Seq、ATAC-Seqなど、ゲノム領域を対象にした実験データにも対応しています。 遺伝子発現データとゲノム領域データを組み合わせて、オミクスデータを可視化・比較できます。
はい。 Subio Platformは、RNA-Seq、マイクロアレイ、DNAメチル化、プロテオミクスなど、複数のオミクスデータを同じプロジェクト内で扱えるマルチオミクス解析ソフトです。 遺伝子、ゲノム領域、サンプル条件を対応づけながら、異なる種類のデータを統合的に確認できます。
はい。 GEOなどの公共データベースから取得したRNA-Seqデータ、マイクロアレイデータ、DNAメチル化データを取り込み、再解析できます。 公開データを使った検証、論文データの再解析、既存データとの比較にも利用できます。
Subio Platformの基本機能は無料で利用できます。
下のフォームに必要事項をご記入のうえ、Windows版またはMac版をダウンロードしてください。
Subio Platformでは、可視化やデータ管理はそのまま無料で行えます。
統計解析、クラスタリング、発現差解析などは、RやPythonと組み合わせて実行することもできますが、コードの作成や調整に時間がかかることもあります。
プラグインを利用すると、よく使う解析を短時間で実行でき、データの理解と結果の解釈に集中できます。
また、一部の機能はプラグインでのみ提供されています。
Basic Plug-inを使ったRNA-Seqデータ解析の流れは、以下の動画でもご覧いただけます。 フィルタリング、PCA、階層的クラスタリング、ヒートマップ、発現差解析、ベン図による比較までを、同じ環境で進める例を紹介しています。
GEOのデータを使って、解析の流れを理解したい方は、RNA-Seq解析チュートリアルから始めるのがおすすめです。
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ご自身のデータや、解析したい公共データの解析を効率よく進めたい方には、データ解析サービスやオンライントレーニングもご利用いただけます。
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