Subio Platform遺伝子発現など、各種オミクスデータの統合解析のためのフリーソフトウェア

RNA-Seqも、マイクロアレイも。

普段使っているWindows、Macで。

コマンド入力なし。 ウェット研究者に最適。

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必要システム構成

  • Windows 10 (64-bit) / macOS 10.14 Mojave 以降
  • 2 GHz 以上のプロセッサー
  • 4 GB 以上の RAM
  • 5 GB の空き容量のあるハードディスク
  • 1024 x 768 以上の画像解像度をサポートしているディスプレイ

お客様情報

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使用許諾契約書とプライバシーポリシー

Subio Platform End User License Agreement version 1.4

This Agreement, and any new versions, between Subio and You, covers all Your use of Subio Platform and Plug-ins from any terminals. Unless You have another agreement directly with Subio that controls and alters your use or distribution of Subio Platform, the conditions of the applicable license agreements below apply to you.

1. Definitions.

Agreement
this End User License Agreement, as may be renewed and/or amended from time to time.
You (or Your)
an individual or a legal entity exercising rights under, and complying with all of the terms and conditions of, this License or a future version of this License issued under Section2.8.
Subio
Subio Inc., headquartered in Amami island, Japan.
Plug-in Partner
an individual or a legal entity who develops and provides Plug-ins, which are distributed together with Subio Platform.
Subio Platform
Subio Platform, which Subio creates, owns and distributes exclusively. All Plug-ins depend on Subio Platform and they don't work alone nor even start without Subio Platform.
Plug-in
a software created by Subio or Plug-in Partners that works with, adds a variety of functionalities to and distributed together with Subio Platform. You will Activate a Plug-in to use it from a computer installing Subio Platform.
Activate (or Activation)
to authorize one computer to use a Plug-in for one year, by exercising a Serial Number.
Activation Key
a file created as a result of Activation, and it is necessary for Subio Platform to access to the Activated Plug-in.
Serial Number
Plug-in customers will purchase Serial Numbers from Subio or a reseller. Serial Number can be exercised only one time from a computer which is connected to the internet.

2. License and Restrictions

2.1 License of Subio Platform

Subject to the terms and conditions of this Agreement, Subio hereby grants You a limited, personal, non-commercial, non-exclusive, non-sublicensable, free of charge license to download, install and use Subio Platform on Your computer. You may use Subio Platform and Plug-ins anywhere like universities, research institutions, home or at work.

2.2 No Granting of Rights to Third Parties

You will not sell, assign, rent, lease, distribute, export, import, act as an intermediary or provider, or otherwise grant rights to third parties with regard to Subio Platform, Plug-ins or any part thereof.

2.3 No Modifications

You will not undertake, permit or authorize the modification, creation of derivative works, translation, reverse engineering, decompiling, disassembling or hacking of Subio Platform or any part thereof except to the extent permitted by law. Only one exception is that You are allowed reverse engineering of Subio.jar, Subio64.exe and jp.subio.plugins.b.jar.

2.4 Third Parties

Subio Platform incorporates and distributed together with software which are owned and controlled by third parties. Any such third party software falls under the scope of this Agreement. Any and all other third party software that may be distributed together with Subio Platform will be subject to You explicitly accepting a license agreement with that third party. You acknowledge and agree that You will not enter into a contractual relationship with Subio regarding such third party software and You will look solely to the applicable third party and not to Subio to enforce any of Your rights.

2.5 Use of Plug-ins

Subio Platform incorporates and distributed together with Plug-ins which are owned and controlled by Subio or Plug-in Partners. To use Plug-ins, You must purchase Serial Number for each Plug-in from Subio or resellers. If You buy them in Japan, You are also responsible for paying consumption tax. You will explicitly acknowledge the End User License Agreement of the Plug-in by its Activation. Once You have Activated a Plug-in, You may not change the expiration date and the authorized computer. You are not allowed to try, do nor inform any ways of Activation other than the instruction provided by Subio.

2.6 Prohibition of Plug-in Development

You are not allowed to create and distribute Plug-ins, unless You explicitly sign the Subio Plug-in Partner Agreement or an alternative agreement and comply with the terms and conditions thereof.

2.7 Exclusive Ownership

Any and all IP Rights in Subio Platform, contents of Subio website, all materials and documents which are created by Subio are and shall remain the exclusive property of Subio and/or its licensors. Nothing in this Agreement intends to transfer any such IP Rights to You.

2.8 New Versions of Subio Platform and Plug-ins

Subio, in its sole discretion, reserves the right to add additional features or functions, or to provide programming fixes, updates and upgrades, to Subio Platform and Plug-ins. Subio has no obligation to make available to You any subsequent versions of Subio Platform and Plug-ins. You may have to enter into a renewed version of this Agreement, in the event You want to download, install a new version of Subio Platform.

2.9 Suspension

Subio may, in its sole discretion and to the maximum extent permitted within Your jurisdiction, modify or discontinue or suspend Your ability to use any version of Subio Platform and Plug-ins, and/or disable any Subio Platform You may already have accessed or installed without any notice to You, for the repair, improvement, and/or upgrade of the underlying technology or for any other justifiable reason, including but not limited to, circumstances where You, at Subio's discretion, are in breach of this license, creating problems, possible legal liabilities, or engaging in fraudulent, immoral or illegal activities, or for other similar reasons.

3. Disclaimer of Warranties and Limitation of Liability

3.1 No Warranties

Installing Subio Platform enables You to manage, visualize and analyze Omics data. Subio cannot guarantee that You will always be able to get correct calculations and visualizations, nor can Subio guarantee that You can store data entirely and perfectly without inadequate modifications or losing integrity of the data. Subio Platform and Plug-ins are provided “as is” with no warranties whatsoever; Subio does not, either expressed, implied or statutory, make any warranties, claims or representations with respect to Subio Platform and Plug-ins, including, without limitation, warranties or conditions of quality, performance, non-infringement, merchantability, or fitness for use for a particular purpose. Subio further does not represent or warrant that Subio Platform and Plug-ins will always be available, accessible, uninterrupted, timely, secure, accurate, complete and error-free, nor does Subio warrant any quality of analysis with Subio Platform and Plug-ins.

3.2 Your own Risk

Maintenance of Your computer and backup of Your data is entirely responsibility of You. You may be exposed to information security risks by using Subio Platform and Plug-ins with on-line resources. You further acknowledge and agree that the entire risk arising out of the use or inability to use Subio Platform and Plug-ins remains with You, to the maximum extent permitted by law. You understand, therefore, that You use Subio Platform and Plug-ins at Your own risk.

3.3 No Liability

Subio Platform is being provided to You free of charge. You acknowledge and agree that Subio and its licensors and Subio staff will have no liability in connection with or arising from your use of Subio Platform and Plug-ins. Your only right or remedy with respect to any problems or dessatisfaction with Subio Platform and Plug-ins is to immediately uninstall and cease use of such Subio Platform and Plug-ins. Any indirect, incidental, special or consequential damages (including without limitation any loss of or corruption to data, interruption, computer failure or pecuniary loss) arising out of the use or inability to use Subio Platform and Plug-ins; and any loss of income, business or profits (whether direct or indirect) arising out of the use or inability to use Subio Platform and Plug-ins; any loss or damage which may be incurred by You as a result of;

  1. Any errors or incorrect calculations when using Subio Platform and Plug-ins;
  2. Any interruption or inability to use Subio Platform and Plug-ins or their functionalities due to network error or inaccessibility and unavailability of server;
  3. The suspension or termination of this agreement by You or by Subio for any reason; and
  4. The release or the decision not to release new versions of Subio Platform and Plug-ins to you.

The limitations on Subio's liability to You described above shall apply whether or not Subio or the Subio staff has been advised of the possibility of such losses or damages arising.

3.4 Jurisdiction's Limitations

As some jurisdictions do not allow some of the exclusions or limitations as set forth above, some of these exclusions or limitations may not apply to You. In such event the liability will be limited to the maximum extent possible within the applicable legislation.

4. Miscellaneous

4.1 Entire Agreement

The terms and conditions of this Agreement constitute the entire agreement between You and Subio with respect to the subject matter hereof and will supersede and replace all prior understandings and agreements, in whatever form, regarding the subject matter. Nothing in this clause shall exclude or restrict the liability of either You or Subio arising out of fraud or fraudulent misrepresentation.

4.2 Partial Invalidity

If any provision, or any part of a provision, is found by any court or administrative body of competent jurisdiction to be illegal, invalid or unenforceable, and the provision (or part-provision) in question is not of a fundamental nature, the legality, validity or enforceability of the remainder of the terms and conditions of this Agreement (including the remainder of the term which contains the relevant provision) shall not be affected.

4.3 No Waiver

The failure to exercise, or delay in exercising, a right, power or remedy provided by this Agreement or by law shall not constitute a waiver of that right, power or remedy. If Subio waives a breach of any provision of the terms and conditions of this Agreement shall not operate as a waiver of a subsequent breach of that provision, or as a waiver of a breach of any other provision.

4.4 No Assignment

You are not allowed to assign the terms and conditions or any rights hereunder. Subio is allowed at its sole discretion to assign the terms and conditions or any rights hereunder to any third party, without giving prior notice.

4.5 Applicable Law and Competent Court

The terms and conditions of this Agreement shall be governed by and interpreted in accordance with the laws of Japan and shall be subject to the jurisdiction of the courts of the district of Kagoshima.

4.6 Language

The original English version of this Agreement may have been translated into other languages. In the event of inconsistency or discrepancy between the English version and any other language version, the English language version shall prevail.

You expressly acknowledge that you have read this agreement and understand the rights, obligations, terms and conditions set forth herein. By installing Subio Platform, You expressly consent to be bound by its terms and conditions and grant to Subio the rights set forth herein.

お使いのオペレーティングシステムはサポート対象外の可能性があります。下のボタンよりご希望のプラットフォームをお選びください。

オンラインデモのリクエスト

ウェブ会議でSubio Platformのデモをさせていただきます。 Subio Platformがあなたにとって有用かどうかは、デモをご覧になってご判断ください。

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Subio Platformで何ができる?

データ解析ソフトというと統計学ツールのことばかり想像しがちですが、実際のデータ解析に求められる機能はそれだけではありません。 解析ガイドで示す作業工程のうち、 黒枠がSubio Platformが担うパートです。 Subio Platformはデータ管理(インポート・エクスポート・検索・抽出)、多角的なデータの視覚化、生データの正規化、インタラクティブな操作、遺伝子の抽出やリスト作成、ベン図ツールによる遺伝子リストの掛け合わせなど、データ解析作業を効率的に行うための根幹機能を提供します。

また、プラグインを使って解析した結果のほとんどはSubio Platformに保存されるので、プラグインのライセンスが切れた後も解析結果を利用できますし、プラグインを持たないユーザーとのデータ共有もスムーズに行えます。

さまざまなオミクスデータを、たった一つのソフトで

Subio Platformは、量的なオミクスデータであれば、どんなものにも対応します。 トランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスの量的データはもちろん、DNAメチル化や転写因子結合(ChIP)データもまとめて管理・解析できます。 測定手法はマイクロアレイ、高出力シーケンサー、質量分析、RT-PCRなど種類を問いません。

RNA-Seqのデータ解析では、生データ(FASTQファイル)の取り込み、リード配列の処理、発現データの統計解析、さらに生物学的解釈まで一貫して行えます。 ITスキルもいりません。 普通のWindows PCやMacで実行可能です。 コマンドラインでやるより、作業がずっとラクになります。 また、RNA-SeqのFASTQファイルからSNPやindelの検出および解析をしたい場合は、Variation Plug-inで対応しています。

対応ファイルフォーマット

ファイルから実験データをインポートする

RNA-Seq FASTQ ファイルをインポートする。 詳細
RNA-Seqのデータ(Counts / TPM / FPKM / RPKM)をインポートする。 詳細
アジレントのマイクロアレイデータをインポートする。 詳細
アフィメトリックスの GeneChip データをインポートする。 詳細
エクセルに保存されているデータをインポートする。 詳細

公共データベースの実験データをインポートする

GEOからマイクロアレイデータをインポートして、再解析する。 詳細
TCGAのRNA-Seqデータをインポートする 詳細
TCGA の miRNA-Seq データを解析する。(AMLの例) 詳細
TCGA のメチル化データをインポートする。 詳細

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高機能なViewersでデータの本質に迫る

「どうせ無料の機能だけではたいした解析できないんでしょ?」と思っている方も多いかもしれません。 しかし、解析にとって有料のプラグインは必須ではありません。 Subio Platformの高機能なViewerを使いこなせば、マウスをドラッグするだけで本質的な解析は可能です。 Excelはもちろん、RBioconductorを使うよりもデータを深く理解し、生物学的知見を引き出すことができます。

ムービーで詳しく見る

簡単かつ詳細なマイクロアレイデータ解析の例 詳細

各Viewerの詳細を見る

Scatter Plot (Measurement) の使い方 詳細
Line Graph の使い方 詳細
Tree View の使い方 詳細
Pathway View の使い方 詳細
Genome View の使い方 詳細
Scatter Plot (Samples) の使い方 詳細
ベン図ツールの使い方 詳細

なぜデータを正しく見ることが大事なのか?

マイクロアレイの正規化手法とデータの解釈について 詳細
マイクロアレイのダイナミックレンジの比較 詳細
RNA-Seqのダイナミックレンジ 詳細

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データを見ずして正しい正規化・前処理はありえない

オミクスの実験データは、解析手順を標準化できるほど一様ではありません。 このため、データを見ないで機械的に不適切な正規化を行って、不適切な結論を導いてしまっている論文が数多くあります。 Subio Platformでは、データの分布を視覚的に提示し、さらにある処理がどのような変化をもたらしたかを、一つ一つ確認できるようになっています。

このような試行錯誤を行うのは、はじめは難しいと思います。 そこで私たちは、安易な自動化機能を搭載した「解析ソフト」を提供するかわりに、何度でも無料で相談できるサービスを提供することにしました。 どうぞお気軽にご予約ください。

ムービーで詳しく見る

正規化と前処理の適切なやり方を見つける。 詳細
Paired T-test のやりかた 詳細
Fill Missing Values ブロックの使い方 詳細

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データを使い捨てず、長期的資産にする管理ツール

オミクスの面白いところは、この解析で取り出した情報がすべてではなく、別の人や別の時に解析し直すとまた新しい発見があるということです。 RBioconductorは統計解析機能に優れてはいますが、データを蓄積・管理するのには向いていません。

さらに、NCBIのGene Expression Omnibus (GEO)、およびGDCのThe Cancer Genome Atlas (TCGA)という二つの有名かつ膨大なマルチオミクスデータベースから、簡単にインポートできるようになっています。 他の研究者の膨大なデータも蓄積して、いつでも調べられるようにしておくことも、自分の実験データの潜在的可能性を引き出すことにつながります。

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チーム内での共有・共同作業がチャンスを拡げる

データ解析を誰かに依頼した場合、最終結果だけをExcelかPDFでもらうことが多いでしょう。 しかし、これでは解析がブラックボックス化し、解析結果を一方的に与えられるだけになってしまいます。 そこでSubio Platformでは、SSAファイルを介してデータを共有できる仕組みを提供しています。 Subio Platformなら、即座に解析手順の検証や、追加解析が可能です。

解析をバイオインフォマティシャンに任せるだけでは、大事なことを見落としてしまいます。 さまざまな知識やスキルを持ったメンバーがそれぞれの視点でデータ解析に加わることで、個人の狭い視野を超えたさまざまなアイデアや発見がもたらされる可能性が高まります。

ムービーで詳しく見る

SSAファイルで、オミクスデータの深く共有する。 詳細

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有料のプラグイン

ふつう、市販の解析ソフトを使っているとライセンスが切れるとソフトウェアを起動できなくなり、金の切れ目が(データとの)縁の切れ目になってしまいます。 Subio Platformにも有料の解析プラグインがありますが、ほとんどの結果はSubio Platformに保存されているので、ライセンスが切れた後もアクセス可能です。

また、プラグインを持たない人にSSAファイルを渡す場合も同様で、有料プラグインを使った解析結果を含めて共有できます。 つまり、解析にかかわるメンバー全員がプラグインを購入する必要はなく、ほとんどの人は無料のSubio Platformだけでデータ解析の議論と作業に参加できます。

  • データ解析をブラックボックスにするのはやめましょう。
  • データメンバーをデータ解析作業に巻き込みましょう。
  • 様々な視点からディスカッションして、アイデアを創発させましょう。

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プラグインの機能の詳細

プラグインページへ

Subio Platformの弱点

知名度が低い

Excel、R、GeneSpringに比べるとSubio Platformはほとんど知られていません。 Subioは、設立当初より開発とサポート以外の余計なコストをかけず、その分価格を下げることを経営方針としてきました。 ですから、Subioには営業がいません。 学会に出展することもなく、メディア広報もしません。

しかし、10年以上も使い続けているユーザーのいるソフトですから、どうぞご安心ください。 知名度が低くとも、解析データを研究論文として投稿するのに問題はありません。 論文投稿する際、レフリーからコメントがつけられた場合は、技術サポートが支援します。

統計解析機能が少ない

Subio Platformは、ウェットの研究者が簡単に使えるソフトを目指して設計しています。 このため搭載する解析機能は慎重に制限しています。 これを補うために、Subio PlatformからRにデータを渡したり、Rから解析結果を受け取ったりできます。 高度な解析機能を持つRBioconductorと、インタラクティブな操作のできるViewerとデータ管理機能を持つSubio Platformは、互いに補完しあう最強の組み合わせです。

しかし、実際の解析で高度な統計機能はあまり必要ありません。 むしろ、MAQCの大規模な発現データの解析に関する研究から、P値だけを使うよりも、Fold値と緩めのP値を組み合わせるほうが再現性の高い解析結果を得られるという結論が出ているくらいです。 また、有名でも歴史的に意味を失った機能も省いています。 たとえば、z-score normalizationは初期の粗悪なマイクロアレイには必要だったものの、現在ではむしろ弊害のほうが勝るようになりました。 このように私たちは、常にSubio Platformの機能性と使いやすさのバランスを調整しています。

ムービーで詳しく見る

R/Bioconductorと連携して、高度な統計解析を実行する。 詳細

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解析ソフトを比較検討するとき、はじめは解析機能ばかりに目を奪われがちだと思います。 しかし、実際の解析作業で効率よく仕事をするのに必要なのはそれだけではありません。

項目 Subio Platform GeneSpring または
市販の解析ソフト
R + Bioconductor Excel + PDF
視覚化・操作性
統計解析機能
試行錯誤のしやすさ・探索的データマイニング
データ管理
データ共有・共同作業
運用コスト
技術サポート・トレーニング
知名度・使える人の多さ
拡張性
(機能・解析に携わる人数・データサイズ)

お客様の声

Anonymous

Academia

大学研究者Aさん

GeneSpringと比べて安価であること。かつRBioconductorで解析するのに比べて、安心できます。
Subio Platform自体がフリーなので、解析用PCは1台でも、各自が自分のデータを持ち帰って自分のPCで解析できること。
Identifierと対応づけてさまざまな遺伝子リストを取り込んで解析するとき、Platformを作りこむとき、データをエクスポートするときに、Excelとの相性がよい点が便利。
カスタマイズ性の高さ。データがどのように処理されているのかわかりやすいので、問題への対処もしやすい。

Anonymous

Academia

大学研究者Bさん

ソフトがフリーであるためデータ共有がし易く、plug-inも低価格なので解析のハードルが低い。

Anonymous

Academia

政府系機関研究者Cさん

直接、使い方の指導を受けられたり、オンラインでの質問にも丁寧に答えていただけたり、サポートがしっかりしていること

この他のお客様からのコメントもどうぞご覧ください。

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