Affymetrix GeneChp のデータ (CEL Files) をインポートする

TACソフトウェアを使ってCELファイルを処理し、そこからエクスポートしたSignal値と遺伝子アノテーションを、Subio Platformにインポートする。

Subio Platformは、GeneChipのCELファイルを直接扱うことができません。そこで、Thermo Fisher Scientificのウェブサイトから無料で入手できるTranscriptome Analysis Console (TAC) ソフトウェアを使ってCELファイルを処理する必要があります。このソフトから、Signalと遺伝子アノテーションのテーブルをエクスポートする方法を学んでください。

また、公共データベースのデータセットを精査していると、時々シグナル値の再計算をしたくなることがあります。このムービーチュートリアルでは、何を見て元のデータ処理の質を判断するかも紹介しています。

TAC に CEL ファイルを取り込もうとしたときに、Not a Calvin file というエラーが出るようなら、その CEL ファイルのフォーマットが古いバージョンだということです。Thermofisher より提供されている Array Power Tools を使って、CELファイルを新しいフォーマットに変換してから、TACに取り込む必要があります。

もしこの操作をご自身でするのが難しいとお感じでしたら、お気軽にデータ解析サービスをご利用ください。時間を浪費することなく、低価格でご利用いただけます。CELファイルまたはCHPファイルをお送りいただくだけで、解析結果をSSAファイルにして納品いたします。