Plug-in Set + Subrium 半額キャンペーン実施中!(2018年3月末まで)

Basic Plug-in

Basic Plug-inは、マイクロアレイ等のオミクスデータ解析で広く使われている基本的な統計解析ツールのパッケージです。

やりたい解析ができるか、お気軽にお問い合わせください。 新機能追加のリクエスト・ご注文も可能です。

機能一覧

Filtering

統計解析をする前に、解析にとってノイズとなる遺伝子を Filter ツールを使って除きましょう。具体的には、すべてのサンプルにおいてシグナルがノイズ領域から出ない遺伝子や、発現変動しない遺伝子を除きます。 0:10 ここで例として使うデータセットの概要0:25 DataSetまたはSampl...

Extracting differentially expressing genes (DEGs) by ANOVA

2郡間で発現差がある遺伝子を知りたい場合は、T検定を使いますが、3つ以上のグループ間で発現差があるかどうかを知りたい場合はANOVA(分散分析)を使うように、と統計学の教科書では言われています。(現実の解析における対応は別として) ANOVAを実行すると、p-value または BH FDR...

Find Similar Patterns

Find Similar Patterns ツールは、選択している遺伝子(または遺伝子群の平均パターン)と、発現パターンがよく似ている/逆向きの遺伝子を検索・抽出するものです。近似度の測定方法として相関係数(Pearson Correlation)、コサイン類似度(Uncentered Cor...

Tree Clustering

階層型クラスタリングは発現パターンの似ている遺伝子郡をグループにまとめたり、発現プロファイルの似ているサンプル群をグループにまとめたりして、全体像を大まかに把握するのに便利です。 00:00 Tree Clustering を実行する前に、下記のようなノイズとなる遺伝子群を除去する 値が低...

PCA

主成分分析(PCA)は発現プロファイルによるサンプル間の近似度を視覚化します。近くにあるサンプル同士は発現プロファイルが似ています。また、0を境にスコアが正の方向と負の方向に分かれている場合は、逆向きに動いていることを表しています。

Advanced Plug-in

Advanced Plug-inは、Basic Plug-in等を用いて行う統計解析の結果を生物学的に解釈するのに有用な解析機能のパッケージです。また、ゲノムの位置に基づく解析や、マルチオミクスの統合解析には必須の機能が備わっています。

やりたい解析ができるか、お気軽にお問い合わせください。 新機能追加のリクエスト・ご注文も可能です。

機能一覧

Enrichment Analysis Tool

Enrichment Analysis tool は、抽出した遺伝子リストを生物学的コンテキストで解釈するのによく使われます。Gene Ontology (GO)はもちろんですが、サイトバンドやプロテインドメインなど、遺伝子アノテーションとして付加されているさまざまな情報に対してエンリッチして...

Pathway Edit Tool

Pathway Edit Tool は、任意の画像上にデータをヒートマップまたは棒グラフで重ねて表示する Pathway オブジェクトを作成・編集するものです。このツールは汎用的に作られているのでどのパスウェイにも対応できるのですが、まずは "KEGG Pathway Converter" ツ...

Genes Tied in Parameter

Genes Tied in Parameter ツールは、たとえば年齢、処理後の経過時間、生存期間などの数値パラメータと、発現パターンが相関あるいは逆相関の関係になっている遺伝子を抽出します。

Genomic Location Filter

Geomic Location Filter ツールは、ゲノムの相対的な位置に基づいて、ゲノム上のエレメント(遺伝子、プローブ、結合部位、メチル化サイトなど)を抽出するのに使います。このチュートリアルムービーでは、PHF8の結合部位を遺伝子の上流 2000 bp の範囲から抽出したり、逆にPH...

Measurement to Region & Region Score Filter

Seriesは一度にひとつずつしかロードできませんので、あるSeriesで使っていた Measurement List や DataSet は、別の Series をロードすると利用できなくなります。そこで、これらのデータを Region List に変換しておくと、Seriesをまたがってデ...

Summarize & Create Intervals

Summarize ツールは、近接するタグやプローブをまとめて平均値などにして、全体的なトレンドを把握するのにとても便利です。まとめる単位は、遺伝子の転写領域や、コーディング領域、上流域、下流域、あるいは決まったサイズのゲノムビンごとなど、汎用的に使えるようになっています。タイリングアレイ、C...

Get Sequence

特定の発現パターンを示す遺伝子リストを抽出した後、それら遺伝子群の上流域の塩基配列がほしい場合があります。Get Sequence ツールは、そのような遺伝子群を指定して相対的な位置の塩基配列を取得するものです。

Find Regions from Seq

Find Regions from Seq ツールは、特定の塩基配列を検索して、その位置を Region List として保存するものです。このムービーでは、FOXO1の制御配列を遺伝子の上流域に対して検索し、FOXO1によって制御されている可能性のある遺伝子を抽出します。

Annotate Measurements

タイリングアレイ、ChIP-chip、CGH アレイ、メチレーションアレイ、ChIP-Seq、Methyl-Seqなどのデータを解析するとき、ただの位置情報だけあって遺伝子のアノテーションがないことがよくあります。 そのようなときは、Annotate Measurements ツールを使って...

Find miRNA Targets

Find miRNA Targets ツールは、遺伝子とmiRNAの実験データが対でそろっている場合に使えます。ここでは、実験的に検証されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアや、計算によって予測されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアのうち、発現パターンが逆相関になっているものを抽出します。す...

Find Correlated Regions

Fnd Correlated Regions ツールは、たとえば ChIP-Seq(またはChIP-chip)と遺伝子発現のデータが対でそろっているときや、DNAメチル化データと遺伝子発現データが対でそろっているときなどに、発現パターンを制御している可能性の高い制御因子を抽出することができます...

Scatter Plot of Regions

異なるタイプのオミクスデータでも Region List に変換しておけば、Scatter Plot of Regions ツールを使って直接比較することができます。 たとえば、遺伝子発現パターンと、その上流域のメチル化サイトのパターンや、染色体のコピー数とその領域にある遺伝子の発現パターン...

5日間お試し

プラグインを無料で5日間お試しいただけます。 右のフォームよりお申し込みください。 メールでシリアルナンバーが届きますので、これを使ってプラグインをアクティベートしてください。

トライアルライセンスをご利用になれるのは一台のコンピューターにつき一回限りです。

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オンラインデモのリクエスト

ウェブ会議を使ってSubio Platformとプラグインのデモをさせていただきます。 データ解析というと統計解析ばかりが注目されがちですが、本当はデータをきちんと見ることが大切だということを実際に見ていただくことで、多くの方に高く評価していただいております。 あなたにとって有用なツールかどうかは、どうぞデモをご覧になってお決めください。

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価格

JPY USD EUR
1年ライセンス 30日ライセンス *
Basic Plug-in 480 USD 80 USD
Advanced Plug-in 480 USD 80 USD
Plug-in Set 680 USD
Plug-in Set +
5 データ解析サービス
980 USD -
Plug-in Set +
Subrium Cloud Limited
2,480 USD 1,240 USD 2018年3月まで半額 -
  • 30日ライセンスには、割引を適用することができません。
  • Plug-in Set をご購入いただいた方は、Data Analysis Serviceで最大75%の割引が受けられます。
1年ライセンス 30日ライセンス *
Basic Plug-in 480 EUR 80 EUR
Advanced Plug-in 480 EUR 80 EUR
Plug-in Set 680 EUR
Plug-in Set +
5 データ解析サービス
980 EUR -
Plug-in Set +
Subrium Cloud Limited
2,480 EUR 1,240 EUR 2018年3月まで半額 -
  • 30日ライセンスには、割引を適用することができません。
  • Plug-in Set をご購入いただいた方は、Data Analysis Serviceで最大75%の割引が受けられます。
1年ライセンス 30日ライセンス *
Basic Plug-in 48,000 JPY 8,000 JPY
Advanced Plug-in 48,000 JPY 8,000 JPY
Plug-in Set 68,000 JPY
Plug-in Set +
5 データ解析サービス
98,000 JPY -
Plug-in Set +
Subrium Cloud Limited
248,000 JPY 124,000 JPY 2018年3月まで半額 -
  • 30日ライセンスには、割引を適用することができません。
  • Plug-in Set をご購入いただいた方は、Data Analysis Serviceで最大75%の割引が受けられます。

ケーススタディ

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なぜプラグインシステムなのか?

プラグインを使って解析を実行するにはライセンスが必要ですが、Subio Platformに保存された解析結果を閲覧するのにライセンスは必要ありません。 データと解析結果を見るために、すべてのコンピューターにライセンスを購入する必要がないのです。この仕組みにより、従来のようにデータ解析を誰かに任せてしまうのではなく、解析を実行する人と解析結果を解釈する人が共同作業し、チーム全体で解析に取り込むことが可能となります。

解析を実行したら、すべての情報をたった一つのSSAファイルに出力することができます。 このSSAファイルを別のコンピューター上のSubio Platformで開けば、全く同じ状態を再現できます。 解析の続きを他の場所で行うことも、他の人に引き継いでもらうことも簡単にできます。 オミクスデータはとても複雑なので、たった一人の人がすべての意味を引き出すことはできません。したがって、誰でも再解析可能な状態でデータを共有することが、可能性を最大限に引き出すことになります。 Subio Platformのプラグインシステムは、このようなチームによる共同作業を可能にします。 Subriumを使えば、このような共同作業の環境をさらに強化することができます。

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