Subio PlatformにRNA-SeqのFASTQファイルをインポートする際には、 fastp、HISAT2、StringTieからなるパイプラインを実行し、遺伝子発現量を計算します。 ワークステーションやUNIXのコマンドラインによる本格的な操作スキルは必要なく、 通常のWindowsまたはMacのコンピューターで実行できます。
パイプラインを実行する前に、必要なツール、HISAT2 index、GTFファイルを準備してください。 設定方法については、使用しているOSに合わせて以下をご覧ください。
操作ガイド － RNA-Seq FASTQファイルのインポート
FASTQファイルは、.gz圧縮形式のままにしておいてください。 同じフォルダー内に途中結果のファイルが多数生成されるため、 ディスクに十分な空きスペースがあること（FASTQファイルの合計サイズの5倍以上）をご確認ください。 実行途中にディスク容量が不足すると、処理が停止します。 FASTQファイルは外付けディスクに保存されていても構いません。
FASTQファイル、およびパイプラインで使用するファイルのパスには、 半角スペースや日本語などの2バイト文字を含めないでください。
Paired-end サンプルのFASTQファイルをインポートする場合は、ファイル名の付け方のルールに従ってください。
実行できない場合は、まずエラーメッセージや設定内容をChatGPTなどのAIに相談してみてください。 それでも問題を解決できない場合は、 FASTQファイル処理のトラブルシューティングサービス もご利用いただけます。
FASTQファイルのインポート後は、 「RNA-Seqによる遺伝子発現データの解析について」 もあわせてご覧ください。