これは、Macユーザー向けに、RNA-SeqのFASTQファイルをSubio Platformにインポートするための準備について説明したものです。Windowsをお使いの場合は、Windows版の説明をご覧ください。
Subio PlatformでRNA-SeqのFASTQファイルを処理するには、fastp、HISAT2、StringTie、およびHISAT2 indexとGTFファイルを用意する必要があります。
macOSや各ツールのインストール方法は変更されることがあります。そのため、以下の流れを参考にしながら、必要に応じてChatGPTなどのAIに操作方法を確認して進めてください。
1. fastp、HISAT2、StringTieを準備する
Subio Platformでは、RNA-Seq FASTQファイルの処理に以下のツールを使用します。
- fastp：アダプター配列や品質の低いリードを除去する
- HISAT2：リファレンスゲノムにシーケンスリードをマッピングする
- StringTie：マッピング結果から遺伝子発現量を推定する
それぞれmacOSで実行できる実行ファイルを準備してください。
ツールのインストール方法は、macOSのバージョンやIntel Mac／Apple Silicon Macの違いによって異なる場合があります。必要であれば、使用したいツールのバージョンとMacの環境を指定して、「macOSでこのバージョンのfastpをインストールしたい」などとAIに質問しながら進めてください。
インストール後、ターミナルで以下のコマンドを実行すると、それぞれの実行ファイルのパスを確認できます。
which fastp which hisat2 which stringtie
表示されたパスを、後でSubio Platformの設定画面で指定します。
fastp、HISAT2、StringTieの実行ファイルのパスには、半角スペースや日本語などの2バイト文字を含めないでください。
2. HISAT2 indexとGTFファイルをダウンロードする
次に、解析する生物種に対応したHISAT2 indexとGTFファイルを用意します。
HISAT2 indexは、 HISAT2のDownloadページ から取得できます。
HISAT2では、同じゲノムについて複数種類のindexが提供されている場合があります。通常のRNA-Seq解析では、既知のtranscript情報を含むgenome_tran版を使用してください。
また、GTFファイルはHISAT2 indexと同じ生物種・同じゲノムバージョンのものを使用する必要があります。
適切なGTFファイルをEnsemblから取得する方法については、以下をご覧ください。
適切な生物種・ゲノムバージョンのGTFファイルを、Ensembl FTPサイトから取得する方法
HISAT2 indexとGTFファイルを保存するフォルダーのパスにも、半角スペースや日本語などの2バイト文字を含めないでください。
3. 解析するFASTQファイルを準備する
解析するFASTQファイルをMac上の任意のフォルダーに保存します。
FASTQファイルを保存するフォルダーのパスにも、半角スペースや日本語などの2バイト文字を含めないでください。
4. Subio Platformでファイルの場所を設定する
必要なファイルを準備したら、Subio Platformで RNA-Seq FASTQファイルのインポート画面を開き、 Settings...から、fastp、HISAT2、StringTieの実行ファイル、 HISAT2 index、GTFファイルの場所を設定します。
下図のように、それぞれのファイルを対応する欄に指定してください。
設定後は、まず少量のFASTQデータで処理が正常に実行できることを確認することをおすすめします。
FASTQファイル全体を処理すると時間がかかる場合があります。設定確認のために短時間でテストしたい場合は、fastpのオプションに
--reads_to_process=10000
を追加すると、最初の10,000 reads（paired-endの場合は10,000 read pairs）のみを処理できます。これはパイプラインが正常に実行できることを確認するためのテストです。正常に処理できることを確認した後、このオプションを削除して全リードを処理してください。
動作確認済みのバージョン
上記で紹介したツールは、それぞれ下記のバージョンで正しく実行できることを確認しています。これと異なるバージョンの場合、エラーが起きる可能性があります。
- fastp 0.22.0
- HISAT2 2.1.0
- StringTie 2.1.1
問題が発生した場合は、まず上記の動作確認済みバージョンを使用しているか確認してください。
上記を確認しても問題を解決できない場合は、 FASTQファイル処理のトラブルシューティングサービス もご利用いただけます。