Subio Platform v1.26.5949をリリースしました。 今回のアップデートでは、RNA-Seq FASTQファイルの解析方法や出力形式を拡充し、 処理の中断・再開に対応しました。 また、Enrichment Analysisの比較機能や、正規化途中の値を確認する機能を追加しました。 ベン図、Filter、データ管理などにもさまざまな改善を加えています。
以下は、v1.25.5867からの主な変更点です。
KallistoによるRNA-Seq解析に対応
従来のHISAT2＋StringTieに加え、Kallistoを利用して、
RNA-Seq FASTQファイルから発現量を定量できるようになりました。
また、遺伝子単位に加え、transcript単位の発現量も出力できるようになりました。
サンプル別の表と、複数サンプルの値をまとめた統合表を保存します。
詳しくは、 RNA-Seq FASTQファイル処理の実行のしかた をご覧ください。
FASTQ処理の中断・再開に対応
RNA-Seq FASTQインポートとFASTQ to VCF
で、安全な一時停止・停止と、
保存済みの処理結果を使った再開に対応しました。
過去の実行結果をサンプル・工程ごとに検証し、
完了済みの処理を再利用して、必要な工程から再開できます。
失敗時の自動再試行、不正なFASTQの除外、
スレッド数や並列数を減らしての再試行にも対応しました。
Enrichment Analysisの比較機能を追加
Advanced Plug-inのEnrichment Analysisで、
二つの遺伝子リストを同じ条件で解析し、
結果を左右に並べて比較できるようになりました。
両方の解析結果に共通するGO termやPathwayと、
それぞれの結果リストのうち何％がもう一方の結果にも含まれるかを確認できるほか、
Venn Diagramを利用して解析結果の重なりを比較することもできます。
詳しくは、 Enrichment Analysis Toolの使い方 をご覧ください。
その他の新機能・機能改善
| 機能 | 主な変更内容 |
|---|---|
| RNA-Seqのサンプルインポート | サンプルの取り込み時にGene ID／Gene Symbolを選択できるようになりました。 CountをRaw Signal、TPMをReserved Signalに取り込みます。 解析完了後の取り込み操作と、Sample Informationの列順・初期表示も整理しました。 |
| fastpオプションの保存と呼び出し |
オプションを名前付きプリセットとして保存し、 次回の処理で呼び出せるようになりました。 プリセットはデータ全体のバックアップにも含まれます。 |
| ベン図ツールの使い勝手向上 |
最大3集合の大きさを面積に反映した表示に変更しました。 選択した領域をリストとして保存する際には、 選択内容に応じた名前が自動的に設定されます。 # Overlapsでは、フォルダー内のリストの一括追加や、 入力リストの一括除外を改善しました。 |
| Filterツール （Basic Plug-in） |
Skewness（歪度）による絞り込みを追加しました。 計算した統計値はMeasurement Listに保存できます。 ヒストグラムの縦・横方向への拡大と、元の倍率への復帰にも対応しました。 |
| Intermediate Signal |
Normalizeの任意の処理段階をピン留めし、 その段階の値をIntermediate Signalとして保存できるようになりました。 Seriesごとに1つ保存でき、各ViewやDatasheetで確認できます。 |
| Merge Platforms |
Measurementの比較と統合する列の選択を、 順番に確認できるウィザードに変更しました。 |
| gzip圧縮ファイル | Sample、Platform、Genome、Measurement List、Region List、 Look Upなどでgzip入力への対応を拡充しました。 Region Listのgzip出力も追加しました。 ファイル入力欄には対応形式とgzip対応の案内を表示します。 |
| 表・グラフの操作 | 出力する列の全選択・全解除、 Scatter Plotの点サイズのボタンによる切り替えを追加しました。 検索・置換パネルのTabキーによる移動順も統一しました。 |
| 画面表示・メモリ設定 | 選択パネルの開閉に伴う表のサイズ変更や描画負荷を抑えました。 OSや他のアプリケーションと同時に安定して動作できるよう、 搭載メモリに応じた最大使用メモリの自動設定を見直しました。 |
| ヘルプ・設定 | インポート手順へのヘルプリンク、 参照データのHTTPSダウンロード案内、 GATK4の設定表記を更新しました。 |
バグ修正
| 対象 | 修正内容 |
|---|---|
| データ取り込み | Sampleの取り込み失敗後にPlatformやフィルター条件を変更して 再試行できるようにしました。 Look Upの読み込み失敗からの復帰と、処理の重複起動も修正しました。 |
| gzipファイルの読み込み | 読み込み準備中に画面を閉じた後、 元の画面が操作できなくなる問題を修正しました。 |
| Sample Information | SOFTファイル内の繰り返し項目が失われる問題と、 セルの内容を確認するとXMLが変更される問題を修正しました。 RNA-SeqのTPM情報の取り込みと、 Kallistoの添付レポートも修正しました。 |
| 列の編集・Undo／Redo | 列の編集・削除・取り消し・やり直しによって、 列と値の対応が崩れる問題を修正しました。 |
| 添付ファイル | 添付ファイルの操作とドラッグによる書き出しを修正し、 書き出しをコピーとして扱うようにしました。 |
| Volcano Plot | 閾値の変更時に選択状態が正しく更新されない問題を修正しました。 |
| Summarize | 開始座標が0の領域の集計を修正し、 不正な座標や大きな座標値の扱いを改善しました。 |
| Regions | Region Listが残っていてもタブが消える問題と、 リスト未選択時の操作でエラーになる問題を修正しました。 |
| Annotationsの検索 | Measurement Listを切り替えたときに、 検索条件が失われる問題を修正しました。 |
| サンプルの追加・除外 | Add/Remove Samplesで、 サンプルのチェックが意図せず解除される問題を修正しました。 |
| 画面表示・ヘルプ | プラグインパネルの開閉時の不要な再描画と、 Import Samplesのヘルプが二重に開く問題を修正しました。 |
仕様変更・利用上の注意
- SAM／BAM・BARファイルの直接インポートを削除しました。 FASTQ解析中のSAM／BAM処理は引き続き利用できます。
- 終了予定のFASTQサポートサービスへのリンクを削除しました。
Subio Platformのアップデート
Subio PlatformのHelpメニューから「Check for Updates...」を選択するか、以下のUpdaterをダウンロードして実行してください。
【重要】 v1.25.5867以降のMac版は、Apple Silicon搭載Mac専用です。Intel CPU搭載Macでは絶対にアップデートしないでください。