患者さんのデータを解析するとき、個体差が大きくて知りたい要因の効果を検出することが難しいことがよくあります。もし、同じ患者さんから比較可能な２種類のサンプルを取れるなら、そうすることで検出力が大きく向上させられる可能性があります。というのは、それぞれの患者さんにおけるコントロールと比較対象の差を取り出すことができますので、その差の平均値と分散を解析することで、個体差に惑わされることなく調べたい要因の効果を調べることができるからです。
Subio Platform で Paired T-test を実行するには、Ratio to Control Samples ノーマライズブロックを使って、患者さんごとにコントロールを設定します。そうして、Compare to Control ツールを使って、One Sample T-test を実行します。
Subio Platformでpaired t-testを行う方法｜patientごとにコントロールサンプルを指定する
この動画は、日本語字幕を表示できます。
この動画では、Centeringを外し、Ratio to Control Samplesを使って、 各patient内でコントロールサンプルを基準にしたratioを作成します。 サンプル数が多い場合には、Define Groups by Parameterを使うことで、 patientごとのペア指定を効率よく設定できます。
最後に、作成したratioデータを使ってCompare to Controlツールを開き、 paired t-testに相当する比較を行い、DEGリストを出力する流れを確認します。
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