Summarize および Create Intervals の使い方

染色体に沿って、値が高い・低い領域を視覚化する。

Summarize ツールを使うと、近接するタグやプローブをまとめて平均値などにして、全体的なトレンドを視覚化できます。たとえば、遺伝子発現やDNAメチル化の度合いが高く(または低く)なっている染色体領域を把握するのにとても便利です。

まとめる単位は、遺伝子の転写領域や、コーディング領域、上流域、下流域、あるいは決まったサイズのゲノムビンごとなど、汎用的に使えるようになっています。タイリングアレイ、CGHアレイ、ChIPやメチレーションなどさまざまなデータ解析で使えます。

もうひとつ「近傍にあるものをまとめる」ツールとして、Create Intervals ツールがあります。ゲノム上で近傍に密集しているタグやプローブは値が似ていることと考えられることがあります。このようなものをまとめることで Measurement の数を減らして解析しやすくすることができます。

これらのツールをうまく使うと、Measurement の数が多すぎてメモリーが足りなくて解析不能なデータが、解析可能になる場合があります。

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