遺伝子と近傍の因子で、互いのパターンが相関するペアを探す。
Fnd Correlated Regions ツールは、たとえば ChIP-Seq（またはChIP-chip）と遺伝子発現のデータが対でそろっているときや、DNAメチル化データと遺伝子発現データが対でそろっているときなどに、発現パターンを制御している可能性の高い制御因子を抽出することができます。具体的には、遺伝子の発現パターンとその上流や重複する領域の制御因子のパターンの間の相関を計算し、相関関係あるいは逆相関関係にあるペアを抽出します。すべてのペアの相関係数の分布が表示されるので、全体の傾向を把握するのにも有用です。
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- Find Matched Samples ツールを使うと、エクセルでの面倒な作業が必要なくなるので、準備が簡単になります。