integrate multi-omics data sets
このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。
やり方は二通りあります。
- 元のIDを保持したまま、Platformを統合する
- 元のIDは使わず、Gene IDやGene Symbolなど共通のIDの Platform を新たに作って統合する
オプション１のやり方は、GeneChip A と GeneChip B と複数のマイクロアレイに分かれているチップセットのデータを統合するときに有用です。一方オプション２は、異なるマイクロアレイプラットフォームのデータを統合するときに有用です。
オプション１: 元のIDを保持したまま、Platform を統合する
00:00 ３つのデータセットを見る
00:30 ３つの Series の SSA ファイルを出力して、インポートし直すことでコピーを作る
01:40 ３つの Platform を統合する
02:20 統合した Platform で、すべての Sample から Series を作る
03:05 All Samples と Merged の DataSet を作成・設定する
03:20 ノーマライズを編集して、それぞれのデータセットで、controlに対する対数比にする
03:50 DataSet を比較する
04:10 アノテーションを編集する
05:15 それぞれのオミクスデータで、Measurement List を作成する
06:30 Pathway データを作成する
06:50 Pathway View で、もともとは異なるデータを統合してみる
オプション２: 元のIDは使わず、共通のIDの Platform を新たに作って統合する
07:10 トランスクリプトミクスとプロテオミクスのデータが、共通のIDを持っているかどうかを確認する（この場合は、Gene Symbol）
07:30 トランスクリプトミクスのデータの、対数比のテーブルを出力する
07:45 プロテオミクスの対数比のデータを出力する
08:05 トランスクリプトミクスの対数比のテーブルをインポートする、そのときに同時にGene SymbolをIDとする Platform を作成する
08:45 その Platform に、プロテオミクスの対数比のデータをインポートする
09:55 すべてのサンプルから新しい Series を作成する
10:20 ノーマライズでは、Import Log Ratio ブロックのみ適用する
10:30 All Samples、transcriptomics、proteomicsの DataSet をそれぞれ設定する
11:00 Pathway データを作成する
11:25 Pathway 上でトランスクリプトミクスとプロテオミクスのデータをまとめて表示する
データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレーニングをお申し込みください。
このムービーの操作は少し特殊ですので、ご自身でやるときに心配なようでしたらお気軽にオンラインサポートをご予約ください。または、解析サービスをご利用になり、わたしたちに操作をお任せくだっても結構です。