Import MSigDB Gene Sets / Find Measurement Lists or Pathways

MSigDBをインポートする / キーワードでMeasurement ListやPathwayを探す。

Molecular Signatures Database (MSigDB) は、GSEAソフトウェアで使用するアノテーションされた遺伝子セットのコレクションで、大きく8つに分類されます。

  • Hall mark gene sets, よく知られた生物学的状態あるいはプロセス
  • Positional gene sets, 染色体やサイトバンド
  • Curated gene sets, 公共のパスウェイデータ、論文、ドメインなど
  • Motif gene sets, 転写因子やmiRNAのシスエレメント
  • Computational gene sets, 癌由来の大量のマイクロアレイデータの解析で定義されたもの
  • GO gene sets, Gene Ontologyの遺伝子アノテーション
  • Oncogenic gene sets, 癌遺伝子を発現を操作したマイクロアレイ実験の結果で定義されたもの
  • Immunologic gene sets, 免疫研究のマイクロアレイによる発現データの解析で定義されたもの

詳しくはこちらをご覧ください。https://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb

上記の遺伝子セットをMeasurement List として取り込むことで、より強力なエンリッチメント解析が実行できるようになります。

"Find Measurement Lists or Pathways tool" は、その名前や含まれる遺伝子名からMeasurement ListやPathwayを検索することができる便利なツールです。

結果のテーブルには、Redanduncy90というスコアがあり、どの程度重複度の高いmeasurement listかを表しています。値は、他の検索対象のリストと重複するmeasurementの数の90th percentileです。比較的ユニークなリストが欲しい場合は、このスコアの低いmeasurement list を選択するといいでしょう。