RNA-Seq FASTQファイル処理のパイプラインを設定するには、適切なHISAT2インデックスとGTFファイルを入手する必要があります。異なる生物種のものを使用したり、HISAT2インデックスとGTFのゲノムバージョンが不一致であったりしても、誤って正常に実行が完了してしまいます。そのため、パイプラインを実行する前に、これらのファイルが正しく選択されていることを確認してください。
使用したいHISAT2インデックスのゲノムバージョンと、Ensemblの最新版GTFのゲノムアセンブリが一致するとは限りません。そのような場合には、旧リリースのフォルダから、適切なゲノムバージョンのGTFファイルを探す必要があります。
以前のリリースから探す
最新のリリースのフォルダを開き、目的の生物のGTFを探します。
例えば、GTFのアドレスが
https://ftp.ensembl.org/pub/release-116/gtf/
の中からhomo sapiensを開いたとき、URLが
https://ftp.ensembl.org/pub/release-116/gtf/homo_sapiens/
なら、このURLのリリース番号を変更して、
https://ftp.ensembl.org/pub/release-76/gtf/homo_sapiens/
https://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/
のようにリリース番号をさかのぼって確認すると、release 75でGRCh37に変わります。