A Quick Tutorial on Integrating ChIP-Seq and Gene Expression Microarray Data Sets
GSE88896 は転写因子TFEBに関する研究であり、2つのサブシリーズで構成されています。一つはTFEB ChIP-Seqデータ、もう一つはTFEBノックダウンの影響をプロファイリングしたマイクロアレイデータです。このクイックチュートリアルでは、マルチオミクスデータセットを統合的に解析する方法を示します。
本チュートリアルでは、TFEBノックダウンにより発現量が変化する遺伝子（DEGs）を同定し、さらにDEGsをTSS近傍にTFEBピークを持つ群と持たない群に分けます。これらはそれぞれTFEBの直接的標的遺伝子と間接的影響を受ける遺伝子と見なされます。さらに、ChIP-seq 実験により同定された標的遺伝子と、DNA配列から予測された標的遺伝子との比較も行います。
手順を追ってこのワークフローをご自身で再現することもできますが、本動画では一部詳細な手順を省略しています。代わりにSSAファイルを提供しますので、データを簡単にインポートして手元でデータを再現してください。またこれを使って、ご自身で独自の追加解析もしていただけます。
公共ChIP-seqデータを使ってRNA-Seq結果を解釈する
このチュートリアルでは、同じ研究で取得されたChIP-seqデータと遺伝子発現データを統合し、 転写因子の結合ピークと発現変動との関係を解析しました。
一方、解析対象の転写因子について、自分の実験に対応するChIP-seqデータがない場合でも、 公共ChIP-seqデータを利用できることがあります。 ChIP-Atlasを使ってRNA-Seq結果を解釈する では、転写因子結合ピークをSubio Platformに取り込み、 RNA-Seqで得られた発現パターンと重ねて確認する方法や、 発現変動遺伝子群から上流制御因子候補を探索する方法を紹介しています。