A Quick Tutorial on Integrating ChIP-Seq and Gene Expression Microarray Data Sets
GSE88896 は転写因子TFEBに関する研究であり、2つのサブシリーズで構成されています。一つはTFEB ChIP-Seqデータ、もう一つはTFEBノックダウンの影響をプロファイリングしたマイクロアレイデータです。このクイックチュートリアルでは、マルチオミクスデータセットを統合的に解析する方法を示します。
本チュートリアルでは、TFEBノックダウンにより発現量が変化する遺伝子（DEGs）を同定し、さらにDEGsをTSS近傍にTFEBピークを持つ群と持たない群に分けます。これらはそれぞれTFEBの直接的標的遺伝子と間接的影響を受ける遺伝子と見なされます。さらに、ChIP-seq 実験により同定された標的遺伝子と、DNA配列から予測された標的遺伝子との比較も行います。
手順を追ってこのワークフローをご自身で再現することもできますが、本動画では一部詳細な手順を省略しています。代わりにSOAファイルを提供しますので、データを簡単にインポートして手元でデータを再現してください。またこれを使って、ご自身で独自の追加解析もしていただけます。ただし、ライセンス上の問題により、SOAファイルにはMSigDB関連データは含まれていませんことをご了承ください。
SOAファイルは「File」メニューの「Import SSA/SOA File...」から読み込めます。Subio Platformを再起動後、「Data Manager」下部パネルの「Series」タブからシリーズをロードしてください。
Reference:
TFEB controls vascular development by regulating the proliferation of endothelial cells
The role of the transcription factor EB (TFEB) in the control of cellular functions, including in vascular bed, is mostly thought to be the regulation of lysosomal biogenesis and autophagic flux. While this is its best-known function, we report here the ability of TFEB to orchestrate a non-canonical program involved in the control of cell-cycle and VEGFR2 pathway in the developing vasculature. In endothelial cells, TFEB deletion halts proliferation by inhibiting the CDK4/Rb pathway, which regulates the cell cycle G1-S transition. In an attempt to overcome this limit, cells compensate by increasing the amount of VEGFR2 on the plasma membrane through a microRNA-mediated mechanism and the control of its membrane trafficking. TFEB transactivates the miR-15a/16-1 cluster, which limits the stability of the VEGFR2 transcript, and negatively modulates the expression of MYO1C, which regulates VEGFR2 delivery to the cell surface. In TFEB knocked-down cells, the reduced and increased amount respectively of miR-15a/16-1 and MYO1C result in the overexpression on plasmamembrane of VEGFR2, which however shows low signaling strength. Using endothelial loss-of-function Tfeb mouse mutants, we present evidence of defects in fetal and newborn mouse vasculature caused by the reduced endothelial proliferation and by the anomalous function of VEGFR2 pathway. Thus, this study revealed a new and unreported function of TFEB that expands its role beyond the regulation of autophagic pathway in the vascular system.