GEOに登録されているRNA-seqのGene Countデータをインポートする
GEO に登録されている RNA-seq のSeries では、Supplementary File から Gene Count のテキストファイルが提供されていることが多いです。たとえそれがない場合でも、GEOによって計算された Gene Count のテキストファイルが提供されている場合が多いです。(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=[GSE accession number])
Supplementary Fileを使うと論文との齟齬はないのですが、著者によってFASTQファイル処理に差があるので異なるSeriesのデータを統合解析するのには向きません。様々なデータを集めて再解析する可能性があるのでしたら、GEOの標準化されたプロトコルにより算出されたGene Countを使うことをおすすめします。
いずれにせよGene Countの表が取得できる場合は、自身でFASTQファイルの処理をする必要がないので再解析が簡単に始められます。このムービーでは、Supplementary版とGEO-calculated版の両方について、GEOから取得したGene CountのテキストファイルをSubio Platformにインポートするやり方を紹介します。