この約2分半の動画では、Subio PlatformのBasic Plug-inに含まれるCompare 2 Groupsツールを使ってDEGを抽出する方法と、バッチエフェクトが疑われるサンプルが結果にどのように影響するかを紹介します。
発現差解析は、バッチエフェクトの影響を強く受けることがあります。バッチエフェクトが疑われる場合、単に解析を実行するだけでは不十分です。正規化やバッチ補正の方法を検討したり、疑わしいサンプルを解析に含めるか除外するかを慎重に判断したりする必要があります。
この動画では、疑わしいサンプルを含めた場合と除外した場合の2つの条件でDEGを抽出します。そして、その結果をヒートマップで可視化し、サンプルの扱いによってDEGのパターンが大きく変わることを示します。
RNA-Seq DEG解析について詳しく
→ RNA-Seqデータ解析チュートリアル：発現差のある遺伝子（DEG）の抽出
ショート解説シリーズの前の動画
→ ショート解説2：フィルタリングで解析対象を整える
この動画で使用したデータに関する詳しい解説
→ CPM正規化が生む“見かけの差”と、多段階で生じうるデータの偏り