Subio Platform v1.24.5805 リリース & Variation Plug-in 新登場!

Subio Platform v1.24.5805 を、新しいプラグイン Variation Plug-in と共にリリースしました。これで、RNA-SeqのFASTQからSNPやindelなどの変異の解析ができるようになります。また、RNA-Seq FASTQ ファイル処理を見直し、より洗練されたものになっています。WindowsやMacのコンピューターをお使いのウェットの研究者にとって、RNA-Seq データ解析のための広範なソリューションパッケージを提供できるようになりました。

NEW FEATUREs of Variation Plug-in

  • FASTQ to VCF (RNA-Seq) ツール: GATK4を使って、RNA-Seq のFASTQ ファイルから SNP や indel を検出します。
  • Annotate VCF ツール: SnpEff を使って、検出された変異に、予測される影響などのアノテーションを付けます。
  • Aggregate Variants ツール: 変異をケースとコントロール群でそれぞれ集計し、フィルターをかけられます。
  • Aggregate Variants per Gene ツール: 遺伝子単位で変異を集計します。フィルターをかけられます。
  • Aggreagte Variants per Exon ツール: 抽出した遺伝子について、エクソンごとに変異の要約をします。
  • Filter by Exon ツール: 特定のエクソン上の変異を抽出します。

IMPROVEMENTs of Subio Platform

  • We revised the Menu items for better user experience. Now there is File menu for import and export.
  • The RNA-Seq FASTQ file processing runs more stably. And now you can choose count or TPM for Ch1RawSignal.
  • We revised the normalization scenario. Now you can easily select a suitable one for RNA-Seq count and TPM/FPKM/RPKM respectively.
  • You can directly import VCF files as Region Lists as adding a prefix "chr" to the chromosome name.

CHANGEs of Subio Platform

  • There is a link of Help in each plug-in tool panel. We replaced ? icon with the link "How to use." 

And a number of bugs were fixed.

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