Subio Platform はタブ区切りテキスト形式でデータを入出力するので、どんな統計ツールとも連携可能です。
Statistical Analysis by R (Japanese)
R (Bioconductor) と連携させる。
Subio Platformは、どなたでも無料で使うことができますが、プラグインの解析ツールを使うにはライセンスを購入していただく必要があります。もし R や Bioconductor などの統計ツールを使えるようでしたら、Subio Platform とこれらの外部ツールを連携して使うことも可能です。プログラミングができない方でも、このデモのようにインターネット上のサンプルコードをコピーして使うこともできます。
(Rで)マイクロアレイデータ解析: https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/kadota/r.html