カプランマイヤー生存曲線ツール

カプランマイヤー生存曲線を描画する。

Kaplan-Meier Survival Curve Tool を使って、カプランマイヤー生存曲線を描画するための準備について解説します。

ある治療を実施したグループとそうでないグループに分けて生存率を比較するなどはこれまで沢山の報告があります。Subio Platformに蓄積されたオミクスデータを使えば、たとえば、特定の遺伝子が高発現しているグループとそうでないグループや、がん抑制遺伝子のメチル化状態によって分けたグループで生存率を比較するなどがとても簡単にできます。

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解析前の準備

もし、GDCからデータをダウンロードして時間の経ったサンプルを使っているなら、下記の方法でclinical informationを最新の情報に更新してから生存解析を行ったほうがいいです。

カプラン・マイヤーの生存解析の準備として、TCGAのclinical informationを更新する

TCGAやTARGETプロジェクトの clinical information は継続的にアップデートされています。 Kaplan-Meier survival curve ツールを使う前に、clinical inforamtionの更新を行ったほうがいいかもしれません。特に、Aliveの患者さんのlast follow up時間は、結果として得られる生存率やp値に大きな影響を与えます。最新の情報を使って解析を行うことが統計学的にも望ましいです。

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