RaNA-Seqでは、FASTQ.gzファイルへ直接アクセスできるURLがあれば、そのURLを指定するだけで、Gene Countsに超高速・簡単に変換できます。特に、GEOのデータをSRA経由でFASTQへ変換・取得する方法と比べると、ENAなどにFASTQ.gzの直接URLがある場合は、こちらの方が圧倒的に高速です。SRR番号からENA上のFASTQ.gzの直接URLを調べる方法も、AIに相談すると簡単に確認できます。
この方法のメリット
この方法の最大のメリットは、公開FASTQからGene Countsまでを非常に短時間で進められることです。FASTQを一度自分のPCへダウンロードしてからRaNA-Seqへ再アップロードする必要がなく、FASTQ.gzのURLをRaNA-Seqに直接指定できます。RaNA-Seqで計算したGene CountsのテーブルをテキストファイルやExcelファイルとしてダウンロードするので、最終的にローカルへ保存するのはごく小さなファイルだけで済みます。
そのため、
FASTQ.gzのURLを準備 → RaNA-SeqにURLを指定 → Quantification → Gene Countsをダウンロード
という短い流れで解析用のGene Countsテーブルを取得できます。
この方法を使える条件
この方法を利用できるのは、FASTQ.gzファイルそのものへ直接アクセスできるURLを準備できる場合に限られます。
single-endの場合は、
https://.../xxxxx.fastq.gz
paired-endの場合は、
https://.../xxxxx_1.fastq.gz
https://.../xxxxx_2.fastq.gz
のようなURLが必要です。
ENAなどでこの形式のFASTQ.gzへの直接URLが提供されている場合は、そのURLを利用できます。重要なのは、ダウンロードページや共有ページではなく、FASTQ.gzファイルそのものを指すURLであることです。
注意点
Dropboxなどのファイル共有サービスでは、共有ページ用のURLしか取得できず、この形式の直接URLを準備できないことがあります。その場合、この方法は利用できません。
RaNA-SeqではローカルFASTQのアップロードやENA Study Accessionからの取得というインターフェースも用意されていますが、こちらで試した限りではうまく動作しませんでした。
手順
1. FASTQ.gzのURLを準備する
single-endの場合はFASTQ.gzへの直接URLを1つ、paired-endの場合はR1とR2の2つのURLを用意します。
2. RaNA-SeqでUpload New Files画面を開く
RaNA-SeqのUpload New Files画面を開きます。画面下部の Alternative method にある Paste をクリックします。
3. FASTQ.gzのURLを入力する
準備したFASTQ.gzのURLを入力します。paired-endの場合は、R1とR2の両方を指定します。一行に1つずつURLを入力すれば、複数のFASTQファイルをまとめて指定できます。
4. Quantificationを実行する
FASTQの登録が完了したら、RaNA-SeqでQuantificationを実行します。処理が完了すると、Gene Countsを取得できます。
5. Gene Countsをダウンロードする
計算されたGene Countsのテーブルを、テキストファイルまたはExcelファイルとしてダウンロードします。
