Subio Platformでは、インポートした元の値をCh1/2 Raw Signal、 正規化処理の最終結果をProcessed Signalとして扱います。
Intermediate Signalは、正規化処理の任意の途中段階の値を保存し、 最終結果と切り替えて確認する機能です。 正規化の途中にもう一つの観察点を設けることで、 異なる処理段階の値を確認したり、 正規化によってデータがどのように変化したのかを調べたりできます。
Intermediate Signalとは
Subio Platformでは、Normalizeで複数の処理を順番に実行できます。 Intermediate Signalを使うと、 指定した正規化ブロックの処理直後の値を保存できます。
| Signal | 保持する値 |
|---|---|
| Raw Signal | インポートした元の値 |
| Intermediate Signal | 指定した正規化ブロックの処理直後の値 |
| Processed Signal | すべての正規化ブロックを実行した後の値 |
Intermediate Signalを保存する位置は自由に指定できます。 例えば、対数変換、Low Signal Cutoff、Fill Missing Value、 Centeringなどの処理のうち、 確認したい段階を指定します。
活用例：発現量と相対的な変動を切り替えて確認する
RNA-Seqデータ解析では、サンプル間の正規化や対数変換などを行った後、 Centeringによって各遺伝子の相対的な変動を比較することがあります。 Centering後のProcessed Signalでは、 遺伝子ごとの変動パターンを比較できますが、 遺伝子間の発現レベルの違いは分からなくなっています。 そこで、Centeringの直前の値をIntermediate Signalとして保存しておくと、 Processed Signalで相対的な変動を確認しながら、 Intermediate Signalで正規化後の発現レベルを確認できます。
このように、Intermediate Signalを利用すると、 同じデータを異なる処理段階の値で確認できます。
なお、これはRNA-Seqデータにおける活用例の一つです。 Intermediate SignalはRNA-Seq専用の機能ではなく、 Subio Platformで扱うさまざまなデータに利用できます。
Intermediate Signalの使い方
1. 正規化処理を設定する
対象のSeriesを開き、Normalizeで正規化ブロックの順序や パラメーターを設定します。
2. 保存したい処理段階を指定する
Intermediate Signalとして保存したい段階の 正規化ブロックの右側にあるピンをクリックします。
指定したブロックの処理後の値が保存対象になります。
3. Do Normalizeを実行する
Do Normalizeをクリックして正規化を実行します。
指定した段階の値がIntermediate Signalに、 すべての正規化ブロックを実行した後の値が Processed Signalに保存されます。
4. Intermediate Signalを表示する
グラフの表示対象でIntermediate Signalを選択すると、 保存した途中段階の値を確認できます。 折れ線グラフ、散布図、ヒートマップなど、 対応する表示で利用できます。 軸や配色についても、Intermediate Signal用の設定が可能です。
DatasheetでもIntermediate Signalの列を表示できます。
利用上の注意
保存できる処理段階はSeriesごとに1か所
Intermediate Signalとして保存できる途中段階は、 1つのSeriesにつき1か所です。 別の正規化ブロックをピン留めすると、 次回の保存対象が切り替わります。 複数の途中段階の値を同時に保存する機能ではありません。
ピンの変更後はDo Normalizeを再実行する
ピンの指定を変更しただけでは、 保存済みのIntermediate Signalは更新されません。 保存する位置や正規化の設定を変更した場合は、 Do Normalizeを再実行してください。
SSAファイルへの保存について
Intermediate Signalの実データはSSAファイルには含まれません。 ただし、正規化ブロックのピンの指定は引き継がれます。 SSAファイルをインポートした後に Do Normalizeを実行すると、 Intermediate Signalを再作成できます。
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