遺伝子アノテーションは継続的に更新されていきますので、Platformは作成した後も定期的に更新してメンテナンスする必要があります。通常マイクロアレイのメーカーは定期的にアノテーションファイルを更新して、ウェブサイトから公開しています。そのような更新の案内をEメールで受け取ったら、Platformの更新を行ってください。
- 最新のアノテーションファイルをダウンロードする。ダウンロードしたファイルがタブ区切りテキスト形式でなければ、エクセルなどでタブ区切りテキスト形式に変換する。
- Subio Platformを開いて、Data Managerタブを開く。
- Edit Platform ボタンをクリックする。
- Look Up ボタンをクリックして、Step1でダウンロードしたファイルを選択する。
- ウィザードに従って更新作業を行って、編集内容を保存する。
Look Up 機能は、Platformの編集画面のほか、Genome, Parameter, Sample Informationの編集画面でも同様の操作が行えます。
ステップ１のテキストファイルは、UTF-8でエンコードされていることをご確認ください。特に、α, β, μなどの文字が含まれているときは重要です。
チュートリアルムービー： Look Up ウィザードの操作について
Look Up (Edit Platform/Sample Information/Parameters)
Edit Platform、Edit Sample Information、Edit Parametersといった画面には、Look Up という編集ツールがついていて、外部ファイルの情報を簡単に取り込むことができるようになっています。もし外部テーブルが全く同じ行数であれば、並び順にさえ気を付ければコピー＆ペーストで簡単に情報を埋めることができます。しかし、行数が異なる場合には、手作業で情報を取り込むのは厄介な作業です。このようなとき、Look Up ツールが非常に役に立ちます。
たとえば、マイクロアレイのメーカーのウェブサイトから提供されるアノテーションテーブルが更新された場合、新しい情報をPlatformにインポートしたいと思うかもしれません。または、実験データをインポートした後、大量のクリニカル情報を付加したいと思うかもしれません。そのような場合に、Look Up ツールをどのように使って情報をとりこむのか、このムービーでご覧ください。
操作がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。
Genomeテーブルの更新もほとんど同じ手順でできます。Genomeメニューから "Edit..." を選択し、リストから任意のGenomeを選択したら編集ボタンを押してください。