1. 解析サービス
2. RNA-Seqデータ解析サービス｜GEO・TCGA再解析にも対応（受託解析）

RNA-Seqデータ解析サービス（外注・受託）をお探しの方へ。 このページでは、RNA-Seqデータ解析をどこまで外注できるのか、 どの工程を研究者自身が確認・判断すべきなのかを整理しながら、 Subioのデータ解析受託サービスの特徴を紹介します。

受託解析サービスで結果を受け取ったものの、 「どう解釈すればよいのかわからない」 「条件を変えて確認したいが、自分では再解析できない」 と感じたことはありませんか？ Subioのデータ解析サービスでは、結果を渡して終わりではなく、 Subio Platform上で確認・再解析できる形で納品します。

多くのRNA-Seq受託解析サービスでは、PDFやExcel形式の静的なレポートが納品されます。

その結果：

• 条件を変えながら検証することが難しい
• 仮説検証の試行錯誤が進まない
• 生物学的な意味を十分に引き出しにくい

といった課題が生じます。このような課題は、多くのデータ解析受託サービスに共通しています。

RNA-Seq解析を外注する際のセカンドオピニオンの重要性

特に、実験受託とデータ解析受託がセットになっている場合は注意が必要です。 実験から解析までを一つの流れで進めるサービスでは、 大量のサンプルを効率よく処理するために、 あらかじめ決められた標準プロトコルに従って解析が行われることが一般的です。

しかし、RNA-Seqデータの状態は、 サンプル品質、ライブラリー調製、リード数、群間のばらつき、 バッチ効果などによって大きく異なります。 そのため、標準プロトコルに従って解析された結果であっても、 データごとの偏りや問題点まで詳しく検証されるわけではありません。

また、実験と解析を同じ組織が担当する場合、 解析工程が標準化されている一方で、 個々のデータに含まれる問題点やバッチ効果について、 追加的な検証が十分に行われないまま、 解析結果がまとめられることがあります。 これは特定の企業や施設に限った話ではなく、 大量のデータを効率よく処理する受託解析や共同利用施設で起こりうる、 構造的な課題です。

そのため、リスク管理の観点からも、 納品された解析結果をそのまま受け取るだけでなく、 必要に応じて、実験実施側とは独立した視点で、 データの状態や解析結果を確認できることが重要です。

Subioのデータ解析サービスは、 このようなセカンドオピニオン用途にも適しています。 標準プロトコルを機械的に適用するのではなく、 それぞれのデータセットの特徴や偏りを確認したうえで、 データの状態に応じた解析方法を選択します。 また、実験実施側とは独立した立場からデータを確認できるため、 データに問題が見つかった場合にも、 中立的な視点でその可能性を指摘することができます。 さらに、PDFやExcel形式の静的なレポートだけでなく、 研究者ご自身が結果を確認し、 条件を変えながら再検討できる形で解析結果を提供します。

Subioでは、解析プロセスを含むSSA（Subio Series Archive）形式で納品します。

Subio Platformにインポートすることで、次のようなことが可能になります：

• 生データから正規化までの全プロセスを視覚的に把握できる
• 解析条件を変更して試行錯誤できる
• 独自の解析を追加・実行できる

これは固定された「解析結果」ではなく、条件を変えながら検証と探索を繰り返せる「生きたデータ」です。 たとえば、次のような検証や解析が可能です。

• 前処理・正規化やグループ定義の変更による検証
• PCA・クラスタリングの条件変更と再実行
• 閾値変更による発現差のある遺伝子（DEG）の再抽出
• 生物学的仮説に基づく遺伝子探索

※一部の解析にはプラグインが必要です

90秒でわかる、SSAファイルを受け取ったなら

納品データで、検証や追加解析をすぐに始められる90秒ガイドです。

Subioのデータ解析サービスでは、以下のようなオミクスデータに対応しています。 また、GEO（Gene Expression Omnibus）・TCGA (The Cancer Genome Atlas)などの公共データの再解析や、過去に取得されたマイクロアレイデータの再解析、新たに取得したRNA-Seqデータとの比較解析にも対応しています。

• シーケンス（RNA-Seq・ChIP-Seqなど）
• マイクロアレイ（遺伝子・miRNA・DNAメチル化・CGHなど）
• プロテオーム・メタボローム
• その他（IDと数値のテーブル形式のデータ）

解析データを納品して終わりではありません。

個別ウェブ会議

納品後、オンラインで解析内容を解説します。

• データの特徴
• 解析手法の選択理由
• 結果の読み方

を、Subio Platform上で視覚的に説明します。

無制限の無料相談

納品後も、

• ウェブ会議（45分）
• メールサポート

を回数無制限でご利用いただけます。

解析は一度で理解できるものではありません。 研究の進行に応じて、いつでもご相談いただけます。

Subio Platformのプラグインを利用することで、解析を試行錯誤しながらより自由に進められるようになります。 各種プラグインに含まれる解析ツールの詳細はこちらからご確認いただけます。

プラグインを活用して解析をさらに深めたい方には、以下の特典をご用意しています。 公共データベースに登録された他の研究者のデータを用いて、ご自身の仮説の検証や補強にも活用できます。

プラグインセット購入者特典

• データ解析サービス：40%OFF
• オンライントレーニング：40%OFF

（プラグインセットのご購入から1年間、何度でも割引が適用されます。）

1アノテーション情報の準備

RNA-Seqの場合は不要です。マイクロアレイの場合は、アレイ名のみお知らせください。

2実験データの準備

タブ区切りテキストファイルをご用意ください。 それ以外の形式や、何を送ればよいか分からない場合はお気軽にお問い合わせください。

メールで相談する（お気軽に）

3サンプル情報・実験デザインの整理

サンプル名と実験パラメータの対応表、および解析内容の指示・ご希望・実験デザインに関する資料をご用意ください。

4データ送付

上記1〜3をまとめてZIPファイルにし、お問い合わせフォームよりお送りください。

5見積・ご注文

内容を確認後、見積書をお送りします。内容にご納得いただけましたら、ご注文フォームよりご注文ください。

解析を発注する

6解析・納品（SSA形式）

7ウェブ会議での解説

出張データ解析サービス

お客様の研究室あるいはご指定の場所に出向いて、解析サービスを提供します。 料金は１日単位のサービス料金と出張料金の合計です。 スケジュールの調整がつけば何日でも可能です。

データサイズ（サンプル数や行数）に関係なく、一律料金です。 ただし、１日あたりの作業時間は最大6時間です。 解析について対面での綿密なディスカッションが必要な場合に最適です。 また、研究所の外に出せない秘密情報や個人情報を扱うデータの解析にも対応可能です。

お申込み・お問い合わせはお気軽にご連絡ください。

メールで相談する（お気軽に）

Q. RNA-Seq解析を外注する場合、どこまで任せられますか？

Gene Countsがすでに得られている場合は、そちらをお送りください。FASTQファイルしかない場合でも、前処理からの受託が可能です。 前処理・正規化・フィルタリング・基本的な統計解析までを行ったうえで納品しますので、研究者の方は解析結果の検証や生物学的解釈に集中できます。

また、既に解析されたデータのセカンドオピニオン的な使い方も承ります。

Q. GEOデータだけの解析も依頼できますか？

GSE番号をご指定いただければ対応可能です。

Q. バイオインフォマティクスの知識がなくても利用できますか？

問題ありません。納品後も継続的にサポートいたします。

まずは、お持ちのデータで何ができるかをご確認ください。 GSE番号やデータの概要をお送りいただければ、解析方法をご提案いたします。

短時間のご相談でも、方向性を明確にできます。 実験計画の段階のご相談でも問題ありません。検討中の手法が研究目的に合致するかなどの検討にも、ぜひご利用ください。

• 無料オンライン相談（ウェブ会議・45分）

無料オンライン相談（45分）を予約する

• メールで相談する

メールで相談する（お気軽に）