The Cancer Genome Atlas (TCGA) は、がんに関するマルチオミクスデータとクリニカル情報の大量に蓄積しているサイトです。
このケーススタディでは、normal と tumor のグループ間で発現差のある遺伝子（DEGs）を抽出し（part 1）、発現を制御している可能性のあるmiRNAの抽出を行います（part 2）。ただし、下記のムービーで見るものより、TCGAのRNA-Seqデータをインポートしたり、TCGAのmiRNA-Seqデータをインポートする操作は、v1.20.5031以降でずっと簡単になっています。
ここでは、Prostate Adenocarcinoma に関連して制御している可能性のある miRNA として次のものを抽出しました。さらに下のリンクから、候補の miRNA-ターゲット遺伝子のペアについて詳細をダウンロードできます。
hsa-mir-10a, hsa-mir-15b, hsa-mir-17, hsa-mir-20a, hsa-mir-20b, hsa-mir-25, hsa-mir-30b, hsa-mir-32, hsa-mir-93, hsa-mir-96, hsa-mir-106a, hsa-mir-130b, hsa-mir-141, hsa-mir-148a, hsa-mir-182, hsa-mir-183, hsa-mir-191, hsa-mir-200c, hsa-mir-203, hsa-mir-204, hsa-mir-363, hsa-mir-375, hsa-mir-451, hsa-mir-484, hsa-mir-573, hsa-mir-629, hsa-mir-708, hsa-mir-888, hsa-mir-890, hsa-mir-891b, hsa-mir-892a, hsa-mir-892b
https://www.dropbox.com/s/8a2aa8rn74lt6rw/TCGA-PRAD_Correlations_between_miRNAs_and_targets.txt?dl=1
Tutorial Movie
このムービーチュートリアルでは、RNA-Seqのデータを取得して、あなたの Subio Platform にインポートして詳細な解析を行うために準備する手順をpart 1で紹介します。そして、part 2 で制御している可能性のあるmiRNAを抽出します。Find miRNA Targets ツールは Advanced Pluyg-in に含まれており、miRNAとターゲット遺伝子の情報については、miRecords、mirTarbase、TargetScan、PITA、miRanda のデータベースから取得できるようになっています。
Part 1
Analyzing TCGA PRAD RNA-Seq
データのインポートはもっと簡単にできる世になっていますので、9分20秒まで飛ばしてください。
9:20 実験パラメータを編集して、Normal/Tumor の情報を埋める
10:30 DataSet を編集して、Sample Groupを定義する
11:20 Scatter Plot (Measurement) View とヒストグラムでデータの特徴・品質をチェック
11:45 シグナル値が低すぎる遺伝子と、発現変動のない遺伝子をフィルターで除去する
13:00 主成分分析（PCA）を実行して、発現プロファイルの全体像を把握する
14:25 Normal と Tumor で発現差のある遺伝子群（DEGs）を抽出する
15:00 DEGs を Region List に変換する
15:40 miRNA のデータと比較するため、Sampleの並び順をバーコードの並び順として記録する
データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレーニングをお申し込みください。
Part 2
Analyzing TCGA PRAD miRNA-Seq Integratively with Gene Expression Data
データのインポートはもっと簡単にできる世になっていますので、5分45秒まで飛ばしてください。
5:45 シグナル値の分布を見ながら、ノーマライズを編集する
6:25 DataSet を編集して、Sample Group を定義する
6:45 パラメータを再度編集して、整理する
7:10 パラメータを再度編集して、RNA-Seq データと Sample の順番と合わせられるようにする
8:15 RNA-Seq データと Sample の並び順を合わせたSeriesをつくる
9:00 Find miRNA Target ツールを使って、DEG を制御している可能性のある miRＮＡ を抽出する
10:10 結果をみる（並び順が合ってない all samples と、合っている normal-tumor paired sampels を使ったときの相関係数の分布を比較)
11:45 miRNA とターゲット遺伝子のペアで、発現量の関係を見る
12:10 miRNA とターゲット遺伝子のペアを、発現パターンの相関係数と一緒にテーブルで出力する
データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレーニングをお申し込みください。
関連トピック
Data Source:
The Cancer Genome Atlas
Gene Expression Omnibus
"MicroRNA expression data for human primary and metastatic prostate cancer samples and control normal adjacent benign prostate"