Subio Platformに蓄積された大量のマルチオミクスデータを俯瞰する。
大量のSeriesが、複数のPlatformやOrganismにまたがって存在する場合、一つ一つのSeriesを開いて見ていくのは非常に困難になります。
Scan genes over series ツールは、そのような時に鳥観図のような視座を提供してくれます。簡単に言えば、GEO Profilesツールと同じようなことが、自分のSubio Platformに蓄積しているデータに対して行えることです。違いは、一つの遺伝子だけでなく、二つの遺伝子名を同時に検索して比較できることです。このツールを使うと、下記のような質問に答えることができます。
- その遺伝子の発現が非常に高いSeriesはどれか？
- その遺伝子が大きく変動するSeriesはどれか？
- それら二つの遺伝子の発現パターンがよく似ているSeriesはどれか？
よく調べてみたいSeriesが見つかったら、Loadボタンを押して詳しく見てください。または、そのSeriesをSSAファイルに出力できます。
このツールをうまく使うための注意点
- グラフの縦軸はCh1 Raw Signalの値です。したがって、GeneChipならRMAよりMAS5、RNA-SeqならFPKM/TPMよりGene Countというように、可能な限り生データに近い値をインポートして蓄積するようにして下さい。
- 検索するのはGene Symbolです。Feature IDとして、マイクロアレイならProbe ID、RNA-SeqならENSEMBL Gene IDなどが使われていることが多いですので、PlatformリストのツールバーにあるSelect Symbol ColumnボタンでGene Symbolの格納されている列を選択してください。
- 表示されるのは先頭に置いてあるDataSetです。そのため、すべてのSeriesにおいて、DataSetsセクションの先頭には"All Samples"という名前のDataSetを配置しておくことを推奨します。この"All Samples" DataSetを作成する際は、以下の設定を行ってください。
- 個別サンプルの表示: サンプルグループによる平均化を行わず、個々のサンプルを表示させる設定にしてください。
- パラメーターの表示: そのSeriesの全体像を把握するために必要なパラメーターがすべて表示されるように設定してください。
- 検索用データベースの作成に時間がかかります。このツールを使おうと思ってもすぐには使えません。帰る前や休み時間の前にデータベース構築を始めるなどして、使える状態にしてください。
このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。