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3. Subio Platform v1.22.5461 をリリース

• Import MSigDB Gene Sets ; GSEA の大量のgene setをインポートして、解析に役立てることができます。
• TSS Plot ; クラシカルなTSS plotと、さらに発展させたTSS Plotを描画でき、発現制御の解明などに役立ちます。
• Find Matched Samples ; "Find miRNA Targets" や "Find Correlated Regions" ツールを使う準備が簡単にできます。
• Find Measurement Lists/Pathways ; 名前や、含まれる遺伝子名などで検索できます。正規表現を使った高度な検索にも対応しています。
• Import Measurement Lists ; 一度にたくさんのMeasurement Listを、fフォルダーの階層構造を保ったままインポートすることができます。

• Enrichment Analysis ツールが進化して、Measurement List や Pathway を検索できるようになりました。結果表示では、名前でフィルターをかける機能が加わりました。さらに、Redundancy90という新しい統計値を導入して表示するようにしました。
• PlatformにSymbol Columnを設定している場合、Enrichment Analysis の計算はMeasurement IDではなくSymbolを基準に行います。これにより、on-chip replicateによるバイアスがなくなります。
• Genomic Location Filterが並列処理をサポートし、高速に処理できるようになりました。
• Find Correlated Regions ツールからRegion Listを直接出力し、TSS Plot ツールで視覚化できるようになりました。
• Summarize ツールでは、結果のRegion Listのname列にReference Trackのname列の値を入れるようにしました。
• 相対的な位置を扱うさまざまなツールにおいて、Distanceの設定値に負数を受け付けるようにしました。

• Measurement to Region ツールでは、Symbol Columnが選択されている場合はSymbolの値を結果のRegion Listのname列に入れるようにしました。
• Add/Remove Samples ツールでは、パラメータの値も表示できるようになりました。

• Venn Diagram ツールで生成される Measurement List からFold値やP-valueなどを排除することで、パフォーマンスを改善することにしました。

• Find miRNA Targets ツールのデータベース定義画面が壊れている。
• Chromosomes tab で染色体の並び順をSubio Platformの再起動後に覚えていない。
• 何か Plug-in のパネルを開いた状態でAnnotationsタブの Copy Table ボタンを押すと、Subio Platformを操作できなくなる。
• SPWファイルからPathwayデータをインポートする際に、マッチするIDがないと空のPathwayができてしまう。
• Edit Platform パネルを閉じる際に、Subio Platform が突然落ちることがある。
• Merge Platforms パネルを操作しているとき、Subio Platform が突然落ちることがある。

FIXED PROBLEMs of Advanced Plug-in

• Enrichment Analysis toolによって計算されたP値が間違っていることがある。
• Genomic Locatin Filterで、一つのRegionしか含まないRegion ListをReference Trackにセットすると動作しない。
• Fringe の入力欄が負数を受け付けない。