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Subio Platform v1.22.5461 をリリース

Subio Platformの新バージョンをリリースしました。このリリースでEnrichment Analysis ツールが大きく進化したのと、System Plug-in に多くの新しいツールが加わりました。盛りだくさんの新機能が詰まった新バージョンへ、ぜひバージョンアップしてご利用ください。

NEW FEATUREs of System Plug-in

  • Import MSigDB Gene Sets ; GSEA の大量のgene setをインポートして、解析に役立てることができます。
  • TSS Plot ; クラシカルなTSS plotと、さらに発展させたTSS Plotを描画でき、発現制御の解明などに役立ちます。
  • Find Matched Samples ; "Find miRNA Targets" や "Find Correlated Regions" ツールを使う準備が簡単にできます。
  • Find Measurement Lists/Pathways ; 名前や、含まれる遺伝子名などで検索できます。正規表現を使った高度な検索にも対応しています。
  • Import Measurement Lists ; 一度にたくさんのMeasurement Listを、fフォルダーの階層構造を保ったままインポートすることができます。

IMPROVEMENTs of Subio Platform

  • アノテーションタブでは、右クリックすることでテーブルの値をコピーすることができるようになりました。
  • キーワード検索の操作を見直し、正規表現による高度な検索を明示的に行えるようになりました。
  • 同じPlatformの他のSeriesから、Measurement List や Pathway のように Profile もコピーできるようになりました。
  • GDCからサンプルをインポートする際、自動的に併せてインポートされるサンプル情報が増えました。
  • 削除や上書き更新の動作が速くなりました。
  • Import SampleウィザードのImport Optionの最初の画面で、ヒストグラムを高速に描画するようになりました。

IMPROVEMENTs of Advanced Plug-in

  • Enrichment Analysis ツールが進化して、Measurement List や Pathway を検索できるようになりました。結果表示では、名前でフィルターをかける機能が加わりました。さらに、Redundancy90という新しい統計値を導入して表示するようにしました。
  • PlatformにSymbol Columnを設定している場合、Enrichment Analysis の計算はMeasurement IDではなくSymbolを基準に行います。これにより、on-chip replicateによるバイアスがなくなります。
  • Genomic Location Filterが並列処理をサポートし、高速に処理できるようになりました。
  • Find Correlated Regions ツールからRegion Listを直接出力し、TSS Plot ツールで視覚化できるようになりました。
  • Summarize ツールでは、結果のRegion Listのname列にReference Trackのname列の値を入れるようにしました。
  • 相対的な位置を扱うさまざまなツールにおいて、Distanceの設定値に負数を受け付けるようにしました。

IMPROVEMENTs of System Plug-in

  • Measurement to Region ツールでは、Symbol Columnが選択されている場合はSymbolの値を結果のRegion Listのname列に入れるようにしました。
  • Add/Remove Samples ツールでは、パラメータの値も表示できるようになりました。

CHANGEs of Subio Platform

  • Venn Diagram ツールで生成される Measurement List からFold値やP-valueなどを排除することで、パフォーマンスを改善することにしました。

FIXED PROBLEMs of Subio Platform

  • Find miRNA Targets ツールのデータベース定義画面が壊れている。
  • Chromosomes tab で染色体の並び順をSubio Platformの再起動後に覚えていない。
  • 何か Plug-in のパネルを開いた状態でAnnotationsタブの Copy Table ボタンを押すと、Subio Platformを操作できなくなる。
  • SPWファイルからPathwayデータをインポートする際に、マッチするIDがないと空のPathwayができてしまう。
  • Edit Platform パネルを閉じる際に、Subio Platform が突然落ちることがある。
  • Merge Platforms パネルを操作しているとき、Subio Platform が突然落ちることがある。

FIXED PROBLEMs of Advanced Plug-in

  • Enrichment Analysis toolによって計算されたP値が間違っていることがある。
  • Genomic Locatin Filterで、一つのRegionしか含まないRegion ListをReference Trackにセットすると動作しない。
  • Fringe の入力欄が負数を受け付けない。

Update your Subio Platform.

Subio Platform の Help メニューから、"Check for Updates..." を選択して自動更新するか、下記のリンクから Updater をダウンロードして手動で更新してください。

Download Subio Platform Updater for 64-bit Windows

Download Subio Platform Updater for Mac

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