実験受託サービスと利用者の間に、Subioが入るメリット
Subioは独立したデータ解析サービスプロバイダーとして、さまざまな受託サービスから納品されたデータの解析にも数多く携わってきました。
中には品質や実験デザインに問題のあるデータを持ち込まれることも少なからずあります。
もしも実験をやる前にSubioにご相談いただいていれば回避できていたことでも、実験をやった後ではどうすることもできません。
そこで、お客様と実験受託サービスの間にSubioが介在することにより３つの対策をした、他にはない新しい実験受託サービスを始めました。
1. 実験デザインのアドバイス
予算の制限のため、理想的なデータを集めることは現実的ではなく、データポイントを省略するのが普通です。
しかし、省略の仕方がまずいと、知りたいことが分からなくなってしまいます。
研究の質を落とさずサンプル数を減らすためには、実験デザインに工夫を凝らす必要があります。
また、不測の事態による失敗もありますから、知りたいことに優先順位をつけて保険をかけたり、影響の及ぶ範囲を制限したりして、やり直しのコストを抑制する観点もあります。
さらに、後からサンプルを追加して実験データを拡張できるよう仕組む、または実験データの再利用性を高めるという観点もあります。
そして当然ながら、知りたいことが観測できる手法を採用しなくてはなりません。
どの手法を選択すべきか、客観的にアセスメントするお手伝いもしています。
このように多面的に考えながら、予算内で最大の効果を上げるよう戦略的な実験計画を立てるのを、Subioの豊富な解析経験からアドバイスすることで支援します。
2. 測定データの品質チェックと最適なデータ解析
有名ブランドの実験受託サービスや、大学の共同実験施設を利用していれば、きれいなデータを出してもらえるだろうとお考えでしょうが、これをあたり前と思ってはいけません。
Subioのデータ解析受託サービスを利用して、初めて測定データに問題があることを知るお客様が本当に多いのです。
誤解のないように言っておきますが、実験を受託する側に悪意があるわけではありません。
彼らは決められた手順に従って、各段階できちんと品質チェックをして、問題のなかったデータを納品しています。
それでも原因不明のバイアスが測定データに紛れ込むのがオミクス実験の難しさであり、これを完全に防ぐことはできないのです。
したがって問題の本質は、おかしな測定データが紛れ込んでいることに、受託サービスと利用者の双方が気づいていないというところにあります。
実験計画の段階から関わっているSubioが受託サービスから納品された生の測定データをチェックすることで、予想された品質のデータがとれているか、懸念されたリスクが発生していないか等をきちんと確認することができます。
そして、その品質に応じて最適な手法および閾値をひとつひとつ決めながら解析を進めます。決まった手順を自動実行するだけの解析とはまったく違います。
3. 最高品質の受託サービスと提携
ほとんどの方は受託サービスの違いをご存じないでしょう。
どこに出しても同じだと思っているかもしれません。
Subioはさまざまなデータ解析に携わってきた経験から、受託サービスの品質に関する情報も蓄積しています。
上述の質的ばらつきについてさらに言うと、おかしなサンプルが散発的に混じっているということはきわめて稀で、むしろこちらの例のように、ある程度まとまったサンプル群がおかしな挙動に見えることのほうがずっと多いです。
これは、バッチ内では安定した測定値が得られるのに対して、バッチ間で安定した測定値を得ることは難しいという、オミクス実験の性質を反映しています。
有名ブランドの受託サービスなら安心だと思う方も多いでしょうが、実は、技術者が入れ替わりで関与する大きな組織ほど、バッチ間の均一性を保つことは至難です。
一方、Subioが提携するパートナーは、高いスキルを持つ少数精鋭のチームが実験を担当します。
お客様は組織・細胞を送るだけで、熟練した技術者がRNAの抽出から測定まで行います。
バッチ間のばらつきを完全になくすことはできませんが、技術の熟練と体制づくりにより圧倒的に低減することは可能だということを実績が証明しています。
上記の解決法のうち、１と２を委託支援サービスとして、３をプレミアム受託実験として提供しています。
どんな時にプレミアム実験受託サービスを使うべきか
Subioのプレミアム実験受託サービスは、きわめて高品質のデータを安定して出せるパートナーとSubioが共同で提供しているサービスです。
正直に申し上げて、実験の単価は高めです。
しかしそれでも、これを利用するほうが合理的な場合があります。
もし、あなたの実験が４サンプル以下で、低コストでサンプルの取得ができる実験であれば、できるだけ安く実験を行ってくれるところに委託するのが合理的です。
その場合でも、Subioの委託支援サービスのみをご利用いただくことができます。
もし、あなたの実験が12サンプルを超える場合、バッチ間の問題が顕在化する可能性が出てきます。
サンプル数が多いほど、やり直しのリスクが低いプレミアム実験受託サービスが合理的になってきます。
再実験のコストと、そのリスクを減らすコストを比べてご判断ください。
もしあなたの実験が、取得が非常に困難または高コストなサンプルを扱うのであれば、プレミアム実験受託サービスが間違いなく合理的です。
バッチ間のばらつき問題は、複数回にわたってサンプリングされる研究、特に前向き研究において最も深刻になります。
このような場合もプレミアム実験受託サービスが最適です。
さらに、他の受託サービスで測定不能と判断されたサンプルについてもご相談ください。
お客様がリスクをご承知の上で、基準を満たさないサンプルの測定も行うことができます。
このような場合でも、質の高いデータを出してきた実績があります。
| サンプリング |
サンプル数 |
合理的な選択 |
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容易・低コスト
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少
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委託支援サービス + 低単価の実験受託サービス（他社）
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多
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委託支援サービス + プレミアム受託実験
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難しい・高コスト
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多少に関わらず
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複数回にわたるサンプリング・前向き研究
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他の受託サービスで断られた
低品質・微量サンプル
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進め方
実験計画（委託支援サービス）
まずウェブ会議にて概要をお聞きします。
そこから、現実的に何ができそうで何ができなさそうかを分けて、明らかにしたいことの優先付けを行い、漠然としたイメージを具体的な実験計画に落とし込んでいきます。
さらに、どのような不測の事態がどのくらいの確率で起こりうるのかを挙げて、リスクとコストのバランスを取りながら対策を実験計画に組み込んでいきます。
実験・測定（プレミアム受託実験）
お客様から送られた組織・細胞から、熟練した技術者がRNAを抽出します。
RNA試料の品質チェックを行い、もしここで品質が予定プロトコルの基準に満たない場合は、この先の手法の代替案を提示し、お客様と一緒に検討します。
お客様の指定した手法で測定を行い、Subioに測定データを送付します。
試料返却オプションをご購入の場合は、残った試料を返送します。
予算の制限でプレミアム受託実験のご利用が難しい場合は、この部分を低単価の受託サービスで代替してもかまいません。
データ解析（委託支援サービス）
納品された測定データに最適な処理および解析を施し、解析結果をSSA(Subio Series Archive)ファイルで納品しますので、お客様は無料のSubio Platformを使って詳しく見ることができます。
そして、ウェブ会議にてデータの見方や、解析手順について詳しく解説します。
その後もご質問があれば何度でも無料のオンラインサポートで対応いたします。